由于索赔时效攸关索赔权利的得丧，决定了索赔结果，因此，索赔时效期间的计算，尤其是索赔时效期间的起算时间的确定就显得十分重要。
确定索赔时效期间起算点的一个重要问题是，确定是索赔事件发生时间为起算点，还是以索赔事件结束时间为起算点。
尽管任何事件的发生或长或短都有持续时间，但是索赔时效期间的起算时间应该是索赔事件发生的当时。在上例仲裁案中，申请人北京某建筑集团公司提出，被申请人逾期未支付工程款的违约行为是持续的事件，只有在事件结束后才能评估具体的损失(即索赔额)，因此，申请人主张，虽然其提交索赔报告的时间超过了按事件发生时间起算的期间，但并未超过按事件结束时间起算的期间，由此认为其索赔要求并未超过索赔时效期间。仲裁庭指定的鉴定人指出，被申请人拖欠工程款是一个持续的事件，甚至在争议提交给仲裁庭时，事件仍有可能处于继续状态，如果按申请人的逻辑，索赔时效期间甚至尚未开始计算，其索赔要求甚至还不能提出。显然，申请人的理由是自缚手脚，不能成立。从司法实践的理解来看，认为从索赔事件开始发生起，当事人就应该知道其具有了索赔权利，就应该积极行使自己的权利。
事实上，在规定较为详细的合同条款中，对于持续时间较为长久的索赔事件，其索赔时效期间的起算仍然是事件发生时间，只是在这种情况下，索赔权利人在索赔时效期间内提出的索赔要求不是最终的索赔要求，而仅仅是索赔意向。如《建设工程施工合同》(GF-1999-0201)第35.2条规定，索赔事件持续进行时，承包人应当阶段性地向工程师发出索赔意向，在索赔事件终了后28天内，提交最终索赔报告。FIDIC条款53.3条规定，当据以提出索赔的事件具有连续影响时，承包商提出的索赔报告应被认为是临时详细报告，承包商应在索赔事件所产生的影响结束后28天之内发出一份最终详细报告。
但是如果索赔权利人确实对索赔事件已经发生不知情，应如何确定计算起点呢?例如承包商误以为业主的工程款已经通过银行到帐，而实际并未到帐的情形。此时，时效期间应从知道或者应当知道索赔事件发生时起计算。但索赔权利人不能以"不知道权利被侵害"为由，提出索赔期间延长。原因在于是否知道事件发生，较容易凭借客观情形作出判断，而是否认识到索赔事件发生后权利己被侵害乃是人的主观心理活动，很难成为一个客观标准，作为权利人免责的理由。
索赔时效期间计算中另一重要的问题是，索赔时效期间是否可以中止?所谓时效期间的中止，又称时效期间的不完成，指在时效期间行将完成之际，有与权利人无关的事由而使权利人无法行使其请求权，法律为保护权利人而使时效期间暂停计算，待中止事由消灭后继续计算。根据索赔时效的功能和性质，而且由于在实践中当事人约定的索赔期间一般较短，因此应该严格限定能够引起索赔时效期间中止的事由。笔者认为应该仅限于权利人因不可抗力的障碍导致其不能行使索赔权的情形，而且双方当事人应在合同中明确不可抗力的范围。也就是说索赔时效期间应是固定不变的期限，只以不可抗力为特定的时效终止事由。
建设工程施工合同的复杂性，决定了合同当事人之间的索赔事件的发生不可避免。但在索赔事件发生后，如何保护自己的权利不受损害是至关重要的。只有熟悉和掌握合同规定，在约定的索赔时效期间内行使索赔权，才能保护自身权利。
