一、商标民事纠纷程序是什么?
1、起诉：向有管辖权的法院立案庭递交诉状。
商标民事纠纷的第一审案件，由中级以上人民法院管辖。各高级人民法院根据本辖区的实际情况，经最高人民法院批准，可以在较大城市确定1-2个基层人民法院受理第一审商标民事纠纷案件。因侵犯注册商标专用权行为以及侵犯驰名商标特殊保护权利提起的民事诉讼，由侵权行为的实施地、侵权商品的储藏地，或者查封扣押地、被告住所地人民法院管辖。
2、立案：法院经立案审查认为符合立案条件的，通知当事人7日内交诉讼费，交费后予以立案。
3、受理后法院5日内将起诉状副本送达对方当事人，对方当事人15日内进行答辩。
4、证据交换。
5、开庭审理。
6、合议庭合议作出裁决，不服裁定的，自送达之日起10日内向上级人民法院提出上诉：不服判决的，自送达之日起15日内向上级人民法院提出上诉。
二、商标民事诉讼中被告提交的证据是什么?
1、诉讼主体资格抗辩，提供对原告的主体资格、商标权的权属等方面进行抗辩的证据。
2、商标权无效抗辩，提供对原告商标权的效力进行抗辩的证据。
3、商标使用不构成侵犯他人注册商标专用权抗辩。
4、合法来源抗辩，提供确切的合法来源的证据。
三、对侵犯注册商标权行为认定的过程
对侵犯注册商标权行为认定的过程，有以下三个基本步骤：
1、确定注册商标专用权的权利范围。注册商标专用权的权利范围是认定商标侵权的基本依据。判断商标侵权行为能否认定或称是否构成所考虑的一切因素都是围绕注册商标专用权的权利范围来进行的。根据我国商标法第五十一条的规定：“注册商标的专用权，以核准注册的商标和核定使用的商品为限。”显然，从这条规定看，注册商标专用权的权利范围只限于核准注册的商标和该注册商标所核定使用的商品。该范围由两个方面因素来确定，一是核准注册的商标;二是该注册商标所核定使用的商品。二者的结合，构成注册商标专用权的权利范围，也就为认定商标权侵权行为确定了与被控侵权对象进行比较的标准，以便得出是否构成侵权的结论。
2、确定被控侵权的具体对象。被控侵权对象的确定由两个方面的因素所决定，一是被控侵权的商标，二是被控侵权的商标所使用的商品。确定被控侵权具体对象的意义，在于确定和固化被控侵权行为的载体，为下一步与商标权的保护范围的比对打下坚实基础。它与确定注册商标专用权的权利范围同样重要，它是认定商标侵权行为的另一比较对象。
3、将被控侵权对象与注册商标和该注册商标所核定使用的商品进行比较，认定被控侵权的商标与注册商标是否相同或者近似，以及被控侵权商标所使用的商品与该注册商标所核定使用的商品是否属于同一种类或者相类似。通过认定侵权行为的三个基本步骤，特别是经过将被控侵权对象与注册商标和该注册商标所核定使用的商品进行比较后，就能认定是否构成商标侵权。
综上所述，对于商标侵权的行为，商标注册人是可以先和侵权人进行协商，如果协商不成的可以申请工商管理部门处理，还是处理不能的则只能够提起诉讼。商标侵权起诉流程第一步是向向有管辖权的法院立案庭递交诉状，之后便是立案、证据交换、开庭审理等。
