第一，应当对商业秘密刑事诉讼中的证明标准有准确的认识。一般认为，近、现代刑事诉讼的证明标准，按照从严从高的原则，为实现人权保障，众多国家都把“排除合理怀疑”确立为刑事诉讼证明标准。我国学界已经基本摒弃了“客观真实说”，在采用“排除合理怀疑”的本质含义作为刑事证明标准上并无多大异议，只是在具体表述上尚有分歧。然而，由于证明责任机理的存在，使得刑事证明标准具有多元性和层次性，不同的证明责任主体、在不同的诉讼阶段、针对不同的证明对象所须达到的证明标准也是不同的。这在德、日等大陆法系国家和英美法系国家的证据理论与实践中均有体现。笔者认为，在侵害商业秘密刑事诉讼中，不同的待证事实适用不同的证明标准：
1.商业秘密权利存在的事实，应当适用民事诉讼证明标准，即“高度盖然性”标准。因为商业秘密罪侵害的对象是他人的商业秘密权，而商业秘密权是一种私权(民事权利)，该权利依私法(民法)产生，并依民事诉讼程序认定。即使在刑事诉讼中，也不改变商业秘密权的私权性质和认定标准。
2.对侵害行为和后果的认定，采用刑事诉讼的一般证明标准来认定。比如，民事诉讼中“相似加接触”的推定方法，就不能照搬。在相似加接触的情况下，虽然犯罪嫌疑人有很大的可能采取不正当手段获取商业秘密，但与刑事证明要求的最大盖然性仍有相当差距。
第二，在审理侵害商业秘密纠纷案件中，如果最终认定的事实与在先刑事判决认定的事实不一致的，应当区别以下不同情况处理：
1.由于不同的诉讼程序中适用不同的证明标准，造成认定事实上的差异，这是正常的。比如，对于损失数额的认定，因民事诉讼证明标准低于刑事诉讼证明标准，民事判决中确认的损失数额可能高于刑事判决中确认的数额。再如，因证据证明力未达到刑事诉讼证明标准而未被刑事判决认定为犯罪的行为，仍有可能构成民事诉讼中的侵害行为。司法实践中已经出现了没有被认定为侵犯商业秘密罪的行为仍构成民事侵权的。
2.刑事判决认定事实确有错误。一种情形是，因为民事诉讼中有新的证据，推翻了在先刑事判决认定的事实;另一种情形是，在先刑事判决本身有误，这种情形在司法实践中并不少见。审判专业性强，对法官业务素质要求高，而商业秘密案件的审理又较一般知识产权案件更为复杂。按照我国现行的级别管辖规定，对知识产权纠纷案件实行集中管辖，由中级法院为一审，大多数中级法院、高级法院都按专业分工的要求设有专门审理知识产权的业务庭。而侵犯商业秘密则由基层法院为一审，中级法院二审，对口的业务部门是刑庭。从司法资源的安排上看，商业秘密刑事判决出现偏差有一定的必然性。从司法实践看，侵犯商业秘密刑事案件的办案质量有待进一步提高。有的侵犯商业秘密刑事案件，从侦查、公诉至法院作出判决，自始至终连涉案的商业秘密是什么也未作说明或说不清楚。在审理商业秘密侵害纠纷案件中发现在先刑事判决确有错误的，应通过审判监督程序以及审级监督的途径，对错误的在先刑事判决予以纠正，避免出现判决冲突的情况。
