一、商住两用房出售成本高
1、买房契税高
据了解，“商住两用”项目与住宅房的区别主要体现在产权年限不同，配套设施不同，容积率及绿化、公共设施面积不同，安全级别不同，物业费、管理费以及转让契税不同等问题上。比如，商住两用房目前还无法按照住宅的标准缴纳契税，房子在转手的过程中，相关费用按照商用来计算，转让契税为4%，而普通住宅转让契税为2%(不超过144平方米)。同时，商用转让还要征收营业税、土地增值税等。对此，专业人士提醒：从投资置业的角度看，投资人出手这类物业或将承担巨大的出售成本。
2、首付比例、贷款成本高
商住两用房不限购，也不受房贷限制，但不能享受普通商品住宅的税费优惠。贷款期限一般不超过10年，首付比较高，50%左右，且不能申请公积金贷款，贷款利率为普通住宅的1.1倍。
3、房子质量一般
某商住两用房业主表示，“这样的房屋格局好，LOFT户型，很受年轻人青睐，花1万多元就可以把房子分成上下两层，上面住人，下面活动、休闲等，非常方便。买30平方米相当于买60平方米，很划算。”但该业主同时也表示，房子隔音效果不是很好。也有看房人表示“我看了一些商住两用的房子，但是感觉房屋质量并不是很好，而且也不怎么划算。”
二、商住两用房生活成本高
1、商业用水用电
商住两用房的水、电和物业费用的都是商用标准，远高于住宅项目，各种税费等也要高于普通住宅。
2、无法签入户口，没有学区划分
商住两用房一般无法迁入户口，这意味着即使周边区域内有较好的教育资源，子女因户口不能迁入也无法就近入学。根据相关规定，非住宅项目一般不强制性要求设计配套服务设施，例如学校、商业、居委会等，也就是说不会被强制配套幼儿园、学校，医疗机构以及相应的养老服务等。而这无形中造成了业主生活、学习上的不便。
3、存在安全隐患
目前大多数“商住两用”项目都是酒店式公寓设计，一梯往往容纳很多住户，出入也很不方便，安全问题也值得担忧。商住两用房将商和住混杂在一起，名为既可“商”也可“住”，实则给双方都带来了很多麻烦。在某业主论坛上，许多业主发的帖子反映商户严重扰民，有的反映商户晚上营业时间结束太晚，有的反映光污染问题，很多商家晚上开的霓虹灯、广告牌、射灯等很扰民。这些都是置业者必须要考虑的问题。
4、隐性成本高
商住两用房的产权一般只有40年或50年，根据《民法典》相关规定：住宅建设用地使用权期满后，自动续期。而“非住宅建设用地土地使用权”，不能自动续期。所以相对于普通住宅，商住两用房的隐性成本其实很高。
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