玉林市农村水污染的主要原因如下：
1、农村养殖业的影响
近年来，我市畜牧养殖业迅猛发展，全市猪常年存栏量440万头、家禽出栏量1.2亿羽左右，我市农村养殖场大部分缺乏必要的污染防治措施，大部分是直排入河。例如，博白县境内70%的河流因养殖场的污水排入，水体受到严重污染，变成了污水河。县里生猪养殖较为集中的水鸣镇有养猪场100多家，全镇年饲养量为32万头，出栏量约20万头，其粪便排放量约为200公斤/头。养殖场往往把未经任何处理的禽畜粪便等直接排放，严重污染河流和水库，造成水鸣河变成黑水河，河里鱼虾死绝，村民饮水困难，村民身心健康受到严重威胁。
2、乡村企业发展、农村小作坊式企业的影响
近年来，随着城市环境管理力度的不断加强，一些重污染企业改弦易辙，从城市“转战”到农村。设备落后、科技含量低的高污染项目，严重污染农村水质。例如，北流市小造纸厂造成的水污染比较严重。北流河流源头——平政镇，全镇建有小纸厂98家，其中年产土纸200担以上的有25家，年产500担以上的13家。这些小纸厂厂区简陋，没有污水处理设施，污水直接排放或渗漏进入河流，往往是一家小造纸厂就污染了一条河。兴业县卖酒乡以鞭炮扬名，乡镇圩上差不多家家户户造鞭炮纸，规模以上的纸厂有102家，这些造纸厂使得清湾江成了红水河，绵延6-8公里。博白县水鸣镇大搞木茹淀粉加工，每年冬春季，这些淀粉厂直接把污水及废渣往河里倒，臭气可达几公里。
3、农村农业生产及生活的影响
一是过量使用化肥、农药、除草剂、农膜等农用化学品带来的水体污染。据调查，我市化肥施用量比全国水平375公斤/公顷高出近一倍，更超过发达国家为防止化肥对水体造成污染而设置的安全上限225公斤/公顷。在大量使用化肥的同时，农药施用量逐年增加。大量残余农用化学品及其分解产物通过农田排水及地表径流等方式进入地表水体，引起地表水体的富营养化严重影响了地表水和地下水的水质。
二是农村生活垃圾及污水普遍缺乏有效治理。据调查，100%的村庄没有任何生活污水处理设施;96%的村庄没有完整排水系统;89%的村庄将垃圾随意倾倒，这样农村地区生活污水对水资源的污染呈上升趋势。
