一、如果双方签订的施工合同未经备案是否有效?
1、根据《民法典》的相关规定，合同生效有两种情形，第一种是合同依法成立时合同立即生效，另外一种是合同成立后还应当办理各种手续后才生效;
2、根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第四十七条规定，对于走招投标程序的建设工程施工合同，合同自投标人中标时就已成立，但法律并未规定需经登记备案才生效。这条规定是国家政府管理部门采取的行政管理方法，主要目的是为了严格管理和监督建设工程合同。法律和行政法规中的强制性规定，有的是属于行政管理规范，如果合同一方的当事人违反了行政管理规范规定，那么应当受到相应的行政处罚，但是该处罚不影响民事合同的效力;
3、设立合同备案制度，并不是将中标结果和中标合同必须经过行政部门审查批准后合同才生效，而是确定以经过备案的中标合同作为承包人与发包人双方之间结算工程款的依据;
4、由于建筑施工合同自合同中标时即成立并生效，所以承发包双方均享有相同的合同权利，应依法履行各自的合同义务。如发包公司违反合同约定将工程擅自再发包给其他建筑公司，属违约行为，发包公司应该依法承担相关违约责任，承担自己的义务。
二、施工合同签订未备案怎么处罚?
目前我们国家已经取消了施工合同备案制度。施工合同签订未备案是没有处罚措施的。备案不是效力性强制规定，不备案的合同仍可以是有效的合同。
备案与否在工程款结算方面有很大影响。对于经过招投标程序的建设工程施工合同，其在自投标人中标时就已成立。法律并未规定需经登记备案才生效。这条规定是国家政府管理部门为了严格管理和监督建设工程合同而采取的行政管理方法。设立这种备案制度，并不是中标合同必须经过行政部门审查批准才生效，而是确定以经过备案的中标合同作为承包人与发包人双方之间结算工程款的依据。
综上所述，施工合同未经备案是否有效其实在法律中尚未明确规定，建筑施工合同的备案是属于行政管理性强制规定的，该项不属于违反法律、行政法规的效力性强制规定，该备案仅仅是部门、地方规章规定的。因为签订合同的双方是平等、自由、自愿的，所以合同的生效不需要审批，也不需要以备案为生效要件。
