一是明确了交通行政许可的实施主体。规定交通行政许可的实施机关分为三大类：依据法定职权实施交通行政许可的交通行政机关;法律、法规明确授予交通行政许可实施权的组织，包括海事管理机构、航标管理机关、县级以上道路运输管理机构;依照法律、法规、规章的规定，受交通行政机关委托行使交通行政许可实施权的其他行政机关。
二是明确规定了实施交通行政许可必须予以公示的内容和方式。对交通行政许可应当公示的十五项内容进行了细化和明确，主要包括：交通行政许可的事项、依据、实施主体、受委托行政机关和受委托实施行政许可的内容、交通行政许可统一受理的机构、交通行政许可的条件、数量、程序、实施期限、依法需要举行听证的交通行政许可事项、需要申请人提交材料的目录、申请书文本式样、作出的准予交通行政许可的决定、实施交通行政许可依法应当收费的法定项目和收费标准、交通行政许可的监督部门和投诉渠道及实施机关的网站地址等。规定了公示的四种方式。
三是规定了对行政许可申请的审查方式。由于交通行政许可事项大多关系到公众安全和社会财产安全及有限的公共资源的利用，对交通行政许可申请的审查比较复杂，涉及到对运输工具、相关设备、人员资质的检测核查等，因此在《行政许可法》原则规定的基础上，结合交通行业的实际特点，对审查的内容及方式作出了具体的规定。
四是规定了交通行政许可文书格式。统一规范了实施交通行政许可的《交通行政许可申请书》、《交通行政许可申请不予受理决定书》等十二种文书格式。
五是规范了交通行政许可印章的使用。交通行政许可印章分为两种，一是专用印章，用于程序性的通知;二是实施机关印章，用于有实质内容的决定书。
六是规范了交通行政许可的申请、受理、审查、决定程序和期限。
七是确立了交通行政许可实施的责任制度。规定实施机关应当明确每一项交通行政许可申请的直接负责主管人员和其他直接责任人员。
综合上面所说的，交通行政许可的程序是需要由可以实施的机关来进行处理，也可以授权于其它的机关来进行实施，只要按法律所规定的流程来，同时确保行政主体相对人申请的事由合理、合法，那么就是可以获得法律的认可。
