在此种情况下，实践中往往有股权转让合同之一方当事人(出让方或受让方)或公司以未办理工商登记为由要求确认其转让无效。但在目前我国的立法中，尚未见有有限责任公司股东转让股权，需于办理工商变更手续后方为生效的规定。依据合同法第四十四条及最高院关于合同法适用的解释第四条，已明确规定合同只有违反法律、行政法规的才无效。而公司法第二百一十条规定了公司登记事项发生变动时应当办理而未办理变更登记的，责令限期登记及逾期不登记的处罚(罚款)。公司登记管理条例第九条明确了股权的变更属于应登记事项，第三十四条第一款规定了有限责公司变更股东的，应当自变更之日起30日内进行变更登记。而1999年6月29日国家工商行政管理局颁布的工商企字(1997)173号《关于企业登记管理若干问题的执行意见》中，第十二条第二款虽然规定有“企业应当申请备案而未办理备案登记的，对备案事项不发生法律效力。”但这一规定规范的对象为“公司章程修改或经理、监事、董事发生变动”而非股东、股权的变动，且该执行意见仅是一部门规章，作为法律及行政法规的公司法及公司登记管理条例中对此均未规定有授权工商局作出进一步规定的有关委任性规范，故不能以此作为否认股权转让合同的效力之依据。综合相关法律、行政法规的规定，应理解为对于办理股权转让而应作的工商变更登记手续，仅属于工商局作为行政管理机关的普遍行政管理行为，且也只是对股本股权业已变动的事实所作的事后确认。另外，股权转让合同业已发生法律效力，才有可能发生股权转让，再应在一定期间内至工商部门办理变更登记，按此时间次序上的先后顺序，也不能以事后是否办理股权变动工商登记而回过头来否定原股权转让合同的效力。受让人与出让人双方在不违反法律及行政法规的前提下，就股权转让而签订的合同，属于其自由处分私权的行为。
故在法律、行政法规未有特别规定的情况下处理该类纠纷，审判实践中要切记公权不轻易干预、入侵私权的原则。当然在股权转让合同中，出让与受让双方可以另行约定以办理变更登记为股权转让生效的条件，如因出让方过错而未能办理变更登记的，受让方可要求其履行该义务，审理中，法院应以此为出让方就股权转让合同所负的缔约附随义务为由支持其诉讼请求。
