建设部、国家工商行政管理发布的99范本即《建设工程施工合同（示范文本）》由协议书、通用条款、专用条款三部分组成，并有三个附件：附件一是《承包人承揽工程项目一览表》；附件二是《发包人供应材料设备一览表》；附件三是《工程质量保修书》。《协议书》是施工合同文本中总纲性的文件，规定合同当事人双方最主要的权利和义务，规定了组成合同的文件及合同当事人对履行合同义务的承诺，并且合同当事人双方需要在这份文件上签字盖章。《专用条款》是对《通用条款》的修改、补充，如果专用条款有特别约定的，则尽管约定与通用条款内容有冲突，只要不违反法律法规的强制性规定，在法律上以专用条款的特别约定为准。这一点很容易理解，但在发生争议时，承发包双方往往会发现专用条款有时约定的过于简单，有时又对通用条款的内容未理解其具体含义，导致专用条款不具体、不完整，不具有可操作性。
施工合同文本的附件则是对施工合同当事人的权利义务的进一步明确，并且使施工合同当事人的有关工作一目了然，便于执行和管理。在实践中，双方往往对于附件不是很重视，因为在签订合同时未入场、项目不清晰或是采购材料设备当时待定，事后忘记完善确认。有不少案件中施工合同的附件一和附件二是空白的，实际上，如果在双方合作的过程中，清晰完整的将附件内容完善确认，发生争议时也减少了双方的举证责任，特别是在工程款结算时，事先的约定和事后的洽商、签证都是审价的依据。组成施工合同的文件包括：施工合同协议书、中标通知书、投标书及其附件、施工合同专用条款、施工合同通用条款、标准、规范及有关技术文件、图纸、工程量清单、工程报价单或预算书，注意这些文件的安排是有顺序的，如果双方未在合同中特别注明，发生争议时，特别是合同文件中出现不一致的条款时，是按前述文件的顺序依次解释的，前一个文件的效力高于后一个文件。双方在施工过程中的洽商、变更等书面协议或文件视为协议书的组成部分。
《建设工程施工合同（示范文本）》一般适用于国内的中、小型建设工程，条款较为简明，使用时应注意专用条款部分的书面约定严谨、清晰，语言文字过于繁琐时附具相应的图式或公式作为条款的解释说明是很有必要的。
