因公司性质和受让人的不同，股权转让纠纷的复杂性也不同。股权转让纠纷主要集中在有限公司股东向非股东转让股权的过程中，因此本文着重于此而展开论述。
一、违反转让限制规定产生的纠纷之情形及法律适用
违反法定限制规定
公司法第35条规定，有限责任公司“股东向股东以外的人转让其出资时，必须经全体股东过半数同意;不同意转让的股东应当购买该转让的出资，如果不购买该转让的出资，视为同意转让。经股东同意转让的出资，在同等条件下，其他股东对该出资有优先购买权。”第38条规定：“股东会行使下列职权：……(十)对股东以外的人转让出资作出决议;……”。由以上规定可以看出，有限公司向非股东转让股权受三个法定条件限制：1、需全体股东过半数同意;2、其他股东放弃优先购买权;3、经股东会决议。
股东向非股东转让股权必须经“全体股东过半数同意”，首先我们必须理清其中“经全体股东过半数”的确切含义，这样才能正确处理由此产生的纠纷。应按股东人数(一人一票)还是应按股东的出资额(投股比例)来计算“是否”过半数同意，公司法没有明确。公司法第41条规定：“股东会议由股东按照出资比例行使表决权。”按此规定，“全体股东过半数”似指全体股东所持出资比例过半数，即需要代表50以上出资比例的股东同意才可通过转让决议。但有的学者认为，这里的“全体股东过半数”应是指股东人数超过一半同意，实行的是一人一票，而非持股比例多数决议。持这一观点的学者认为，有限责任公司一方面是一种资本的联合体，是“资合”。但其股东人数有限，不仅资本具有封闭性特点，股东之间还具有人身信任的因素，因此有限公司具有“人合”的性质。公司法对股东向非股东转让股权进行限制的原因在于维系公司股东之间的稳定关系，是有限公司“人合”因素的制度性体现。公司法第106条第2款规定，股份有限公司股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权的半数(特殊事项为2/3)以上通过，而第35条规定的“经全体股东过半数”则不采用“所持表决权的半数以上”的表述，两者相较，含义差别非常明显，“全体股东过半数”应是指全体股东人数的过半数。笔者赞同第二种处理观点。我国公司法规定，有限公司在2人以上50人以下，股东人数较少。股东之间既会重视资本的确定和充实，也会重视彼此之间的信用关系的保持，关注股东本身的财产状况、商业信誉、经营管理能力等个人条件。特别是在高新技术公司中，股东相互之间出资问题可能不是第一位重要的。例如甲股东有资金，乙股东有技术，而丙股东则有公司动作和管理，任何一方退出，都违背了合作建立公司的初衷，甚至可能使公司从此陷入困境。
从资合性质来讲，全部股东维持不变的情形下的事项属资合性质范畴，由此产生的利害程度与各股东持股数额多少直接相关，应当按股东出资比例行使表决权。但股东向股东以外的人转让股权涉有到公司合作人的变化，合作人的变化显然属于人合性质的事项，应由全体股东按人数一人一票行使表决权。
未经全体股东过半数同意向非股东转让股权的行为，违反了法律规定，是否一律无效?
有的学者认为这是一种可撤销的行为而非无效行为。对于无效行为，不仅有关当事人可以提出无效主张，法院、仲裁机构乃至有关国家机关也可主动认定无效。对无效行为的认定受限制的时效与行使撤销权的时限有所有同。对于可撤销的行为，只有享有撤销权的当事人可以提出撤销主张，法院、仲裁机构不得主动裁判撤销，当事人行使撤销权有期限限制。未曾对股权转让表示同意或放弃优先购买权的其他股东和不知股权转让未经全体股东过半数同意同亦不知并优先购买权被放弃的受让方都享有撤销权;转让方因违反了法律规定，存有过错，不享有撤销权;受让方明知或应知股权转让未经全体股东过半数同意且优先购买权被放弃的，也不享有撤销权。股东行使撤销权，不能仅以反对转让为理由，必须以其要购买不同意转让的股权或行使优先购买权为理由。如果股东提出撤销之诉之前曾有明确行为表明其默示同意股权转让的，被告可据此抗辩。受让方据此行使撤销权时，其他股东是否默示或追认股转转让可能尚属未定，受让方可以对其他股东行使催告权，请求其在一定合理期限内明确表示是否同意，如其不同意，或在规定的期限内仍未明确表示是否同意视为不同意，则受让方可据此作为行使撤销权的证据。
另有学者则主张这是一种效力待定的行为，如果其他股东追认的，则转为有效。转让人与受让人之间发生纠纷的，法院可先将诉讼情况通知公司，限期在一定合理期限内征求其他股东的意见，在期限内作追认的及不作相反意思表示的(视为同意转让)相加超过全体股东半数，不同意转让的股东又不购买该转让出资且无任何股东主张优先购买权的应认定转让行为(合同)有效。经诉讼中的一定征询期后，仍不能满足公司法第35条规定的条件的，则应认定股权转让行为无效，按无效返还及依过错赔偿损失的原则处理。
以上两种观点及处理方法有相同之处，但区别也相当明显。按第一种观点处理，撤销权必须通过仲裁机构、法院来行使，且催告结果容易倾向撤销权人一方，最后导致股权交易行为被否定。按第二种观点处理，当事人的征询不一定需在诉讼中进行，诉讼外的征询和追认都可依各当事人意思进行，且结果容易倾向肯定股权转让，有利于保护和促进已经达成的民事交易。笔者认为第二种观点和处理方或更合理，更简便，也更符合合同法鼓励民事交易，促进资本流动，优化资源配置的意旨。
全体股东中同意股权转让及不同意但又不购买的股东人数之和过半数，但只要有股东明确表示行使优先购买权，向非股东转让股权的行为则无效;但要求低于交易价格购买或曾签署声明表示同意转让并放弃优先购买权的股东不得主张股权转让无效。
向非股东转让股权是否一定要经股东会决议这一形式呢?也就是说股权转让是否是股东会的专有职权，其他途径是否可以替代股东会决议?
有的学者认为，没有依法举行股东会议，没有按照法定的议事规则集体讨论和研究，没有按法定的表决规则行使股东表决权，违反了公司法规定的股东会决议程序，股东向非股东转让股权行为不具法律效力。有的学者反对这一观点。小股东如何启动股东会议程序，以及股东会应在多长期限内作出决议，我国公司法都没有详细规定。有的股东反对股权转让但又不愿购买，于是故意设置障碍，采取拖延战术，避而不见、不谈，使股东会无法召开，股权转让的最佳时机被迫错过。有的国家为避免该类问题的发生，规定股东要求转让股权的，应当向董事会书面提出，董事会应当在收到书面通知后的法定期限内通知召开股东会并作出决议。如法国《商事公司法》第45条规定，公司应在股东完成转让计划通知之日起三个月内作出决定，否则，视为同意转让。我国公司法未有类似规定之间，应当肯定其他替代股东会决议的其他形式。有限公司人数较少，采取逐个征集股东意见的方式完全可行。
