土地出让金是政府出让土地使用权所取得的土地纯收益，即土地出让总收入扣除政府取得土地所支付的征地、拆迁费用以及宗地前期开发费用等的余额。土地出让金征收使用与管理经历了中央与地方财政分享、全部属于地方和区分新增和原有建设用地对土地出让收入实行不同管理三个阶段。按现行法律法规和政策规定，土地出让金管理的具体做法是：
在收入管理方面，土地出让金为地方专项收入，列入政府基金预算。土地出让金收入的具体缴交程序是：市、县国土资源管理部门根据土地出让合同填发“缴交国有土地使用权出让金登记单”分别送财政部门、土地受让方等单位，由土地受让方根据通知书规定的金额、开户银行和账户，按规定将土地出让金直接缴入“土地出让金财政专户”，并由财政部门在下月5日前办理完出让费用、业务费支出(土地出让总收入扣除在征地、拆迁过程中发生的征地、拆迁费用和其他费用及前期土地开发等成本费用)后将净收益直接按季缴入国库。
在支出管理方面，市县财政取得的土地出让金，应首先缴纳新增建设用地土地有偿使用费(中央地方共享收入：中央30%、地方70%，均专项用于耕地开发)和支付用于农业土地开发的专项支出(其中省集中部分不得超过30%)，其余部分专项用于城市基础设施建设和土地开发，还可以用于破产企业职工安置、补贴被征地农民或通过作价出资(入股)转增企业国家资本金和土地收购储备等。
现行土地出让金征收使用与管理中存在的问题
土地有偿出让与无偿划拨并存的“双转制”，不利于建立公平、有效的土地出让管理机制。主要表现在：
一是有偿与无偿并存的“双转制”，客观上给一些地方不严格执行土地有偿使用和公开出让制度留下制度上的“空子”，造成该有偿出让的土地违规无偿划拨，该招标拍卖挂牌公开出让的土地违规协议出让，甚至擅自减免土地出让金等。
二是给少数土地行政管理人员利用土地出让的审批权，违法违规批地、索贿受贿开了方便之门，同时，还增大政府管理土地出让的行政成本。
盲目出让、土地出让金征收不到位。主要表现在：
一方面部分地方政府不顾经济发展水平和市场情况，为获取土地出让金而盲目扩大城市规模、盲目加大旧城改造力度，大量出让国有土地。另一方面，一些地方领导法制意识不强，人为干预土地审批、供应。一些地方政府不严格按法定程序办事，擅自越权审批，低价出让土地，甚至把土地审批管理权违规下放给园区管委会，造成园区用地失控，土地收益流失。
土地出让金管理不规范。尽管国家关于土地出让金管理的规定和要求比较明确，要求全部纳入预算，严格执行“收支两条线”管理，土地出让收入全额缴入“土地收入专户”，扣除土地成本费用后的收益缴国库。但实际上不少市、县并未严格执行这些规定，土地出让金往往成为地方政府的“小金库”。有些甚至未经同级人大审议批准，也脱离了审计部门的监督。
土地出让金不按规定使用。一是挪用土地出让金，将土地出让金用于平衡财政预算，一些开发园区的土地出让收入由管委会坐收坐支，在一些边远地区，还大量存在挪用土地出让金发工资等问题。二是一些城市政府以未来土地出让收入作担保向金融机构大量借贷搞城市建设，实际上是透支未来政府土地收益。三是未按规定足额交纳新增建设用地土地有偿使用费，甚至拖欠、挪用农民征地补偿费。四是用于农业土地开发的资金欠缴严重。根据财政部、国土资源部对河北、吉林和上海等20个省(区、市)的不完全统计，应征用于农业的土地出让金为108.12亿元，实际征收23.75亿元，欠缴84.37亿元，占应缴额的78%。五是国有土地出让金大量用于城市建设，大搞政绩工程和形象工程。一些地方政府盲目扩大城市建设规模，甚至截留征地补偿费来搞城市建设。一方面加剧了对土地的占用，另一方面又扩大了城市拆迁规模。同时，由于土地出让金基本用于城市基础设施建设，使用于农业土地开发、安置下岗职工和土地收购储备等资金得不到保证。
加强土地出让金征收使用与管理的对策
完善土地出让管理机制。取消现行土地有偿出让与无偿划拨并行的“双轨制”，除纯军事用地外，对国家机关用地、城市基础设施用地和公益事业单位用地、国家重点扶持的能源、交通、水利等基础设施用地等，也一律采取有偿方式取得，所需支出由各级财政列入本级财政支出预算。这样，一是有利于建立公平、公正、公开的土地出让机制和合理的成本费用形成机制，实现公平竞争;二是有利于从根本上遏制土地出让审批中各种违法行为;三是有利于解决和减少各种“政府工程”对失地农民安置、补偿不到位等问题。
严格控制土地出让规模。首先，要严格编制、执行土地利用总体规划和土地利用年度计划，严格控制城市规模扩张，控制建设占用农用地的数量和速度，适度控制城市拆迁规模和政府市政投资，市、县政府要根据市场需求、地价水平及变动情况、政府产业政策和土地可供应量，科学制订土地出让计划，向社会公布并严格执行，合理控制城市土地出让总量、结构和进度，防止地方政府为获取短期收入而无序大量出让土地以及低价竞争。其次，要以经济手段控制城市土地出让规模，即根据各城市的年度用地规模和城市等级，由省级政府向城市用地市、县政府收取一定的土地收益，年度用地越多需要交纳的土地收益也越多。三是经营性用地必须招标拍卖挂牌出让，工业用地也要逐步实行招标拍卖挂牌出让，严禁低价出让土地。
市、县级政府必须切实加强土地出让金收入管理。一是土地出让必须规范进行，土地出让金必须公开确定并足额收取，不得减免。二是取消“土地收入专户”，直接将土地出让收入就地全额缴入国库。三是严禁以政府未来土地收入作担保向金融机构借贷搞城市建设。四是土地收入预算及执行情况要向地方人大报告，接受人大监督，审计部门也要加强审计监督。
完善土地收益分配，建立土地基金。
1.对土地基金支出实行预算管理。土地基金所有支出需编制预算，按预算支付各项土地费用和专项支出。适应取消“土地收入专户”、将土地出让收入就地全额直接缴入国库这一变化，确保征地成本、费用的及时支付，市、县国土资源部门根据土地利用总体规划、年度土地利用计划、本地区新增建设用地的等别与收费标准、征收土地补偿费标准和土地开发成本费用等，编制年度政府征收、征用土地基金支出预算，将政府“批次”征收、征用土地发生的新增建设用地土地有偿使用费、征地费用、拆迁补助费、土地开发费用、征地管理费和手续费等由财政列入年度部门预算，在“基金支出”中列支。同时，对法律、法规规定的各种专项支出也要按规定的要求，一并列入当期基金支出预算。
2.对土地基金实行留成收益管理。各级政府当期出让土地使用权获得的土地纯收益，不得全部用于当期的支出。要将不低于当期土地收益40%的部分作为土地留成收益，留作以后年度地方政府安排使用。当期土地专项支出不超过当期收益60%，其中用于城市基础设施建设的不得高于当期收益的15%。目的是在严格土地规划管理和用途管理的基础上，进一步压缩城市建设规模，减少城市建设对土地、特别是基本农田的占用。
3.对土地基金实行专账管理。即在“土地基金”中设立三个专账：一是成本费用支出专账，用以核算土地征收、征用和土地开发过程中发生的各项成本费用支出。具体包括：①土地取得的成本费用，如新增建设用地土地有偿使用费、征地补偿费、征地管理费和手续费等。②土地收购或收回费用，包括土地与地上附着物补偿费、拆迁安置费、土地测量费、土地评估费等。③土地开发费用，如土地测量费、土地评估费、房屋拆除费用、土地整理和中介服务费等。二是专项支出专账，用于核算土地收益中各项专项支出，具体包括：用于农业土地开发支出、城市基础设施建设支出、失地农民及被拆迁居民的生活补偿支出、基本养老保险、医疗保险等生活保障支出。其中用于农业的土地开发资金，要重点用于改善农田水利设施条件、建设高标准农田、提高耕地质量、提高粮食综合生产能力和增加农民收入等方面的支出。三是土地留成收益专账，用于核算当年从土地出让收益中划出留成收益和上年留成收益的滚存结余。
