在正当性上，有观点认为我国是成文法国家，诉讼权利的实施须经法律明文规定，专家法律意见不属于三大诉讼法明文规定的证据类型，也不属于表达当事人意见的诉讼文件，且受一方委托，有偿出具的专家意见书对司法公正造成了巨大潜在危机。但法院组织专家论证就“名正言顺”吗?在客观性上，恐怕是专家论证意见书最受“诟病”的原因。目前来看，专家意见书大多是受一方当事人委托出具的，一方当事人对案情的描述不可避免地带有主观认识，那专家也非常容易产生“先入为主”的认识，而其论证所依据的证据由委托方提供，证据的真实性、全面性，证据收集程序的正当性都无法保障，加上多数专家论证意见是有偿提供的，双方存在利益关系，中立地位一经丧失，由此得出的论证意见的客观性就更受质疑。
诸多的质疑让法官对待专家论证意见书不免“惶恐”，看了怕受“蛊惑”，虽说专家、学者的论证意见并非“洪水猛兽”，但其影响力不可低估。2003年，浙江省高级人民法院研究室就针对“专家法律意见书对审判工作的影响”进行了一次调研。调研中发现，高达80%的法官表示对专家法律意见书会“阅读并重视专家的意见”。当前，法院的办案骨干力量多数是来自法律院校的青年法官，出具意见书的专家们原就备受尊崇甚至被膜拜，如今与自己办理的案件挂起钩来，其中“潜移默化”的作用是不容小觑的。当然，再多的质疑也无法阻止专家法律意见书不断现身，既然如此，笔者认为不如以积极地态度去应对它，既不要把它当成“洪水猛兽”而避之不及或者心怀芥蒂，置之不理，也不要迷信权威或者担心招致舆论压力而失了自信，而是为其找个“出口”，引导其名正言顺地出场，也让法官们达成共识，以恰当的方式去对待。
转化一：从幕后到庭前，转化为代理意见或辩护意见
针对第一种情况，也就是受案件一方当事人或其家属委托出具的专家论证意见，既然其无法摆脱“代理”品格，何不脱掉“外套”，大方地从幕后走到庭前。实际上，大多的专家学者本身就是兼职律师，受委托支持一方意见，不管其中的观点如何客观公正，理由如何充分，都不宜以专家这一具有社会影响力的身份和头衔出现。专家，根据汉语字典的解释，是指在学术、技艺等方面有专门技能或专业知识的人。这些人在其研究的领域往往是有所建树，而被广泛认可，而一些知名专家更是在其研究领域具有一定的学术权威，具有巨大影响力，除非表明是一方代理人或辩护人的身份，否则，其所出具的所谓“专家意见”对法院的审判工作产生了无形的压力，一旦法院的判决与“专家意见”相左，很可能因此遭到公众的普遍质疑，对法院的独立审判产生困扰，而对另一方当事人来说也是极大的不公平。为此，建议法院遇到上述情况应引导当事人通过办理委托手续，使专家获得合法的诉讼定位，将专家论证意见转化成代理意见或辩护意见。否则，法院可以拒不接受所谓的“专家论证意见书”。这样对公众而言，只不过是一方当事人花“大价钱”请来了知名律师，而非“主持正义”的法学专家。即可以使“专家论证意见”名正言顺地参与庭审，也给予了另一方当事人对专家意见进行质证、辩驳的诉讼权利。同时，还能避免一些法律服务者或者律师以请专家为名，“吃两头，乱收费”。
转化二：纳入民意沟通表达渠道，视为民意表达之一
对于第二种情况，也就是未接受任何一方委托，一名或多名专家针对某一案件各自或共同发表的相同或者相反的意见，应当视为民意表达的一种。专家也是公民，当然有权通过书面或者在其个人博客、论坛、报刊等媒体上发表个人对某个案件的看法，尽管其观点与其他公众的观点相比较更加具有专业性，但仍然属于民意的一种，如果当事人及其代理人从公开发表的媒体上复制专家对本案或者类似案件的法律意见，提交法院，法院完全可以不予接受。因此，法官在遇到此类情况，应当慎重处理，如果打算对该意见进行参考，则应当表明态度，仅是将该意见书作为参考资料，而非作为证据材料也非作为代理意见或辩护意见使用。当然，作为民意表达的一种，法院对专家论证意见的态度并非应当不理不睬。人民法院三五改革纲要明确提出，法院要建立健全民意沟通表达机制，并强调要完善人民法院与人大代表、政协委员、民主党派和无党派人士、广大人民群众、律师、专家学者等的沟通联络机制。为此，对于专家学者以“专家论证意见书”的方式表达的民意，法院也要以适当的方式去关注，将其作为直接或者向人民法院提出的意见或建议认真、客观地看待，并在适当时机，通过适当方式，公开作出回应。
转化三：从台前到幕后，充当外援“智囊团”
对于上述第三和第四种情形，即受刑事案件控方即检察院委托进行的专家论证和法院主动组织专家进行论证的，笔者以为，都可以看做是外援“智囊团”，是对法官、检察官知识结构的补充。当前，案件数量持续快速增长，法官断层现象比较严重，很多年轻法官进入法院1至2年就开始办理大量案件，在基层法院，工作3年以上的法官大多已经是法院的办案骨干力量，检察院的情况也是类同。这些年轻法官尽管都具有较高的理论水平，但毕竟办案经验不足，加上近年来疑难复杂案件层出不穷，法律法规不断更新，特别是涉及专业技术问题的案件数量大幅上升，不少基层法院的法官应对能力显然不足。
最高人民检察院早在1999年就设立专家咨询委员会，全国检察机关专家咨询委员制度运行至今已经14年，并出台文件明确了专家咨询委员会的主要职责、专家咨询委员的任期、联系机构、提请咨询和论证的程序、经费保障等。而“应邀参与重大疑难复杂案件咨询”，是专家委员重要的履职方式。法院咨询专家意见的机制法律尚未规定，但上海、深圳、厦门等地的法院邀请专家集体论证疑难案件的情况并不鲜见。法院对于专家提出的咨询意见，往往是纳入自由心证形成过程，作为加强内心确信的参考，不同于“司法鉴定结论”，更非直接作为证据使用。
从司法独立的角度来说，不论是检察院还是法院，都不应受外界干扰，独立的去审查和审理案件。但当检察官、法官的专业知识和办案经验不足以应对一些专业知识要求很高的案件时，选择咨询权威专家的意见显然是一种对案件负责的态度，值得肯定。当然，这种专家咨询的方式，笔者认为有几个方面需要注意：一是专家意见的多元化。作为外援“智囊团”，咨询专家的选择上，应当邀请持不同意见的专家共同参与讨论和论辩，而不应局限某种意见的专家，这样有助于启发思路，而非强化某种倾向性意见。二是论证意见要保持“幕后性”。咨询专家可以增强法官对于案件判断的确信度，并可能通过法官自由心证转化为裁判理由，但最终的判断是由法官作出，因此，专家意见不应像证据一样公开进行，而是限于内部咨询更为妥当。三是专家咨询意见的保密性。咨询专家意见的方式可以是多种的，既可逐个当面电话、电邮交流的方式，也可召开专家论证会集体论证。但专家的各种意见应当归档保存，并不对外公开，咨询的过程也不宜由双方当事人及其代理人、辩护人参与。
当然，上述的情况都是针对案件正在审查或审理阶段，若是案件宣判以后，法院邀请专家论证来应对社会舆情，那么这类意见相当于声援法院裁判结果的一种民意，仍应纳入第二种情况对待更为妥当。
