补充协议亦是商品房买卖合同比较重要的一部分，与商品房买卖合同具有同等法律效力。补充协议通常是由开发商单方起草，对开发商而言是有优势的。因此，购房者应谨防开发商提供的补充协议，若是该补充协议加重购房者的责任，减轻开发商的责任或者补充协议中有霸王条款，购房者可以拒签。如果购房者是在不知情的情况下签订的，购房者可以向法院提起诉讼，以开发商提供的补充协议显失公平或欺诈为由，请求法院认定上述补充协议无效或撤销，亦能维护自身的合法权益。
1、公共维修基金过户
一般情况下，买卖双方房屋成交价格中都包含了公共维修基金款项。但是，公共维修基金做不到随房转移，即使房屋的产权变更登记手续已经办完，公共维修基金也不会自动转到买方名下，必须办理公共维修基金的过户手续，地点在房屋所在地的各区县专项维修资金管理部门。因此，补充协议应当约定双方共同办理公共维修基金的时间。
2、一房二卖的特别处理
一处房产签多家买卖合同是卖方最恶劣的违约行为，它可能导致买方钱房两空。加大违约责任是一房多卖行为的事后防范措施，遇上恶意行骗的产权人，他可以视高额的违约责任而不顾，拿着购房人的房款挥霍一空然后卖了房逃之夭夭。因此，它不能百分百保证买方没有风险。有了预告登记制度，这种情况就可以被杜绝。
3、关于预告登记的约定
预告登记是由物权法规定的一个新制度，它是指在不动产交易过程中，为防止合同生效后办理权属转移登记手续前，不动产权利人另行处分该不动产，双方按合同约定将不动产转移事项向登记机构进行预先登记，确保受让方在条件成熟时进行正式产权登记。预告登记后，未经权利人同意，产权人不能处分该不动产。可见，卖方如果“一房多卖”，进行预告登记的买方不受任何利益损失。由于预告登记需要建立在双方自愿基础之上，房地产登记机构办理预告登记须依双方的登记申请进行，因此最好书面约定双方同意向房屋所在地房地产登记机构申请预告登记。
4、各种法律文件之间的冲突解决办法
买卖二手房需要签署的法律文件很多，仅合同而言，就有定金合同、居间合同、买卖合同、补充协议等。各份合同的内容有时会出现互不一致甚至相冲突的情况，这就需要明确定金合同、居间合同如与买卖合同发生冲突，以买卖合同为准。而补充协议正是因为买卖合同有缺陷才订立的，因此补充协议要说明其他合同文本如与补充协议相冲突，以补充协议为准。
5、《售楼书》的重要内容应作为补充协议的组成部分
购房人在购置商品房时，尤其是其购置期房的时候，往往是看了开发商印制的《售楼书》，才决定是否购买。售楼书中往往列明了该楼盘的特点、交通、规划设计、房型、配套、装饰、设备等情况。购房人认为《售楼书》是开发商的承诺，因此，一旦交付的房屋与《售楼书》不一致，大有上当受骗的感觉。实践中，这类争议不在少数。
从法律意义来讲，《售楼书》是一种要约邀请，是开发商向购房人发出的，请其购买房屋的意思表示，并不具有法律效力。双方正式签订的《合同》或《补充协议》才是双方真正的意识表示，是双方的承诺，具有法律上的效力。
尽管〈〈最高人民法院关于审理商品房买卖合同纠纷案件适用法律若干问题的解释〉〉第三条规定"出卖人就商品房开发规划范围内的房屋及相关设施所作的说明和允诺具体确定，并对商品房买卖合同的订立以及房屋价格的确定有重大影响的，应当视为要约。该说明和允诺即使未载入商品房买卖合同，亦应当视为合同内容，当事人违反的，应当承担违约责任。"但为了避免未来可能产生的纠纷，建议购房人将开发商在楼书中承诺的与其有关的重要内容写在补充协议中。
6、房屋质量的约定
房屋质量的问题，是购房人入住后与开发商最容易产生争议的地方。因此，在《合同》或《补充》中约定房屋质量的内容是十分重要的。
购房人应当与开发商约定的内容包括：墙体平直的标准;防水的标准，即房屋顶棚无水渍、厨房及厕所防水良好、上下水管与地板结合处无漏水、渗水;表面裂缝的标准：即开发商承诺商品房内部无任何裂缝，保温层墙壁表面平整，瓷砖地板平整无松动、无爆裂、无间隙;管线安装与室内表面的平整标准：即开发商承诺不在商品房内通行任何公用管线，承诺任何管道的安装不影响房屋室内表面的平整。采用的建筑材料应达到国家强制性标准等。
7、商品房交付的约定
房屋交付时，履行的手续有：房屋入住通知;钥匙收条。开发商应向购房人提交的资料有：《北京市建设工程竣工验收备案表》、《住宅质量保证书》、《住宅使用说明书》(该两书内容不得低于《商品住宅实行质量保证书和住宅使用说明书制度的规定》、实测面积等。
8、违约责任与解除合同的约定
双方约定：如开发商交付房屋时，所交付的房屋达不到《合同》或《补充协议》的约定，购房人有权拒收房屋。并约定开发商因其违约行为所应支付违约金的数额或比例。同时，也可约定开发商限期更正或修复，如在规定的时间内达不到约定的标准，购房人可以单方解除《合同》。并同时约定《合同》解除后的处理办法，包括开发商应支付给购房人的违约金和损失赔偿额计算的方法。
9、产权证取得期限的约定
产权证是认定房屋权属的法律依据，实践中，常会出现购房人在完全支付房款后的几年内，都拿不到产权证，至使产权处在一种不确定的状态之中，因此，约定产权证取得的最后期限十分必要。并同时约定，如到期购房人仍然得不到产权证，购房人有权退房及退房处理办法的约定。
10、关于不能如期取得贷款的约定
按揭贷款是许多购房人都采用的付款方式。在付款方式的附件中，开发商往往写明，如买受人不能获得银行的按揭贷款，买受人应于接到通知的几日内付清余额。购房人往往粗心，没有注意该条款或者因为觉得不能获得的贷款的风险不大，对该条款没有重视。
实践中，因此发生的争议虽不多，但一旦购房人无法获得银行贷款，按照本条约定，购房人必须在几日内交清全部房款，否则，根据《合同》第七条之规定，购房人就需承担不能按期付款的违约责任。因此，购房人在签订《合同》或《补充协议》时对此条要予以充分注意。
11、关于物业的约定
实践中，开发商指定的前期物业与业主委员会选聘的物业之间产生的纠纷很多，因此，购房人为保证其入住后权益的维护，也可在《补充协议》中约定物业的有关情况。
新版《合同》中第19条，已就开发商指定的物业服务收费价格，及价格构成内容有所规定，且在附件四里，还有关于物业服务内容、服务质量的买卖双方自由约定。除此之外，购房人还应当与开发商协议约定，前期物业的服务时间，物业权利的限制，物业期限届满后，由业主委员会或全体业主决定是否继续聘任物业或重新指定其他物业的相关约定。
