目前的管辖权异议制度具有明显的行政职权特征，在提出条件、处理程序、证据提出及质证、认证等方面都缺乏详尽的规定，致使在司法实践中出现了当事人滥用管辖权异议权利、诉讼过分迟延、处理程序不规范和当事人丧失自主决定权等问题，一方面妨碍了正常的诉讼活动，另一方面也招致了部分当事人的不满。主要表现在：
(一)民事诉讼法第三十八条只规定了当事人可以在提交答辩状期间提出管辖权异议，《诉讼费用交纳办法》规定管辖权异议不成立的每件交纳50至100元，而至于异议的提出条件和相关证据材料等方面都未作要求，正因为提出管辖权异议的门槛过低，且成本微乎其微，导致了司法实践中管辖权异议申请无序的状态。部分当事人很容易运用管辖异议权拖延诉讼进程，或者以提出管辖权异议来迫使原告接受不利的调解方案。甚至部分管辖权十分明晰的案件，当事人为达到拖延诉讼的目的，也提出管辖权异议，通过漫长的管辖权异议处理过程，迟滞原告权利的依法保护，甚至利用此期间转移、变卖其可供执行的财产。
(二)异议处理程序不规范，导致人民法院审查程序无法可依，程序不够透明。
按照人民法院的普遍做法，被告人申请管辖权异议都是直接向案件的承办法官提出，由处理案件的审判组织—合议庭或者独任审判员一并审查处理，二审则由立案庭负责审查处理。因为管辖权异议的审查处理程序缺少法律规范，有的法院采用书面审查，有的法院采用听证审查，有的法院由法官调查取证，有的法院将举证责任判归当事人，甚至同一法院也有不同的做法，通过这些审查程序虽然最终处理了案件，但由于不够统一规范，让法官和当事人都无所适从。在实践中，少数法院在当事人提出管辖权异议后，拒绝裁定，而是依职权将案件移送有管辖权的法院，致使部分当事人不满，四处上访告状，甚至拒绝到有管辖权的法院立案诉讼，导致一些管辖权转移的案件长期得不到处理解决。
(三)异议处理方式过于书面化，对证据的举证、质证和认证没有统一规范，致使部分案件的处理结果脱离实际，导致当事人的强烈不满。
根据民事诉讼法第三十八条的规定，法院对当事人提出的异议应当审查，但是对审查的形式未予以明确。实践中，往往在把管辖异议申请送达给原告后，仅仅依据双方当事人提供的证据材料进行书面审查，而不是运用审理程序进行审理，甚至极少数法官不将管辖权异议书通知原告，就依职权进行了审查处理，致使最终结果与客观实际相脱离。在管辖权异议案件的处理过程中，常常是只进行形式审查，相关证据材料根本不经举证、质证和认证。异议处理方式的书面化和行政化，一方面违背了依证据审理案件的基本法理。法官在审理案件时应当给予双方当事人充分的攻击和辩论的机会，使原被告双方提供的确定管辖的证据经历必要的质证过程，然后再去伪存真，作出裁定。正因为如此，民事诉讼法第六十六条明确规定，证据应当在法庭上出示，并由当事人互相质证。另一方面是为恶意规避管辖提供了方便之门。当事人可以利用法院审查不进行对立辩论和质证的特点，通过涂改和添加有关管辖的内容，或者通过其他一些非法手段伪造证据，骗取相关法院的管辖权。
(四)人民法院确定管辖过于职权化，忽视了当事人在管辖权异议案件中的诉讼权利。
在裁定异议成立后，法院依职权自行移送有管辖权的法院。当受移送的人民法院认为受移送的案件依照规定不属于该院管辖时，报请上级法院指定管辖，上级法院指定由哪个法院审理的，该案最终就由指定的法院审理。在确定有管辖权的法院的过程中，相关法院的操作程序根本不考虑当事人选择法院管辖的权利，原告不能积极参与异议解决程序。这就导致了在很多时候，最终的管辖法院与原被告的选择或者与案件缺少关联性，这导致了许多案件的诉讼成本增加，忽视了当事人在管辖权异议案件中的权利。
