我国刑事诉讼法确立了“以事实为根据，以法律为准绳”的原则，要求在刑事诉讼中必须查明案件事实。但知易行难，非法行医致死事实的查明绝非易事。医学领域对大多数法官来说，是一个陌生的专业领域，对非法行医致死事实的查明，法官往往依赖于专业的司法鉴定。但是，根据我国刑事诉讼法的规定，侦查机关、审判机关均可以独立地启动司法鉴定程序，犯罪嫌疑人、被害人仅有对鉴定结论的知情权和补充鉴定、重新鉴定的申请权，无权自己决定启动鉴定程序。在这种情况下，控辩双方鉴定权明显失衡，容易导致鉴定的偏差。“在刑事司法中，受‘隧道视野’和‘证实偏差’影响的办案人员，可能会在证据尚不充分的情况下就过于自信地确认某人为罪犯，进而将调查集中于该犯罪嫌疑人，竭尽全力搜集可以证明该犯罪嫌疑人有罪的证据，而无视甚至隐匿那些能证明该犯罪嫌疑人无罪的证据。”2012年新修订的刑事诉讼法将“鉴定结论”修改为“鉴定意见”，鉴定人的法律地位由“科学的法官”向“准证人”转变。但由于刑事诉讼法的限制，鉴定多由侦查机关启动，鉴定人的鉴定意见会不自觉地倾向于侦查机关，容易导致鉴定偏差。我国司法鉴定改革将司法鉴定推向社会，虽增强了鉴定的客观中立性，但鉴定机构和鉴定人的良莠不齐，也增加了查明案件事实的难度。医疗具有高风险性，从医者对疾病的诊断、治疗受医学发展水平的限制，不少检查、诊断和治疗方法都有一定的风险性。非法行医中就诊人的死亡大多由非法行医者的过失引发疾病或并发症，介入因素众多，因果关系十分复杂。吴家馼认为伤亡原因包括根本原因、直接原因、中介原因、辅助原因、伤亡诱因、联合原因、协同原因和伴发情况八类情况，从而对死亡原因做出了定性概括。于晓军等人更进一步，结合上述八类情况进一步划分了参与度，从而实现了对伤亡原因的定性定量分析。笔者认为，依据法医学理论对伤亡原因定性定量分析的司法鉴定意见只是查明案件事实的一种重要参考，不宜和法律上的因果关系及量刑直接挂钩。
鉴定原则
司法鉴定合法性原则，是指司法鉴定活动必须严格遵守国家法律、法规的规定。它是评断鉴定过程与结果是否合法和鉴定结论是否具备证据效力的前提。
这一原则在立法和鉴定过程中主要体现为：鉴定主体合法;鉴定材料合法;鉴定程序合法;鉴定步骤、方法、标准合法;鉴定结果合法五个方面。
1、司法鉴定机构必须是按法律、法规、部门规章规定，经过省级以上司法机关审批，取得司法鉴定实施权的法定鉴定机构，或按规定程序委托的特定鉴定机构。司法鉴定人必须是具备规定的条件，获得司法鉴定人职业资格的执业许可证的自然人。
2、司法鉴定材料主要是指鉴定对象及其作为被比较的样本(样品)。鉴定对象必须是法律规定的案件中的专门性问题，法律未作规定的专门性问题不能作为司法鉴定对象。如我国现阶段对司法心理测定(俗称测谎)、气味鉴别(警犬鉴定)等尚未作为法定鉴定对象，其鉴定结论不能作为证据。而且鉴定材料的来源(含提取、保存、运送、监督等)必须符合相关法律规定的要求。
3、鉴定程序合法性，包括司法鉴定的提请、决定与委托、受理、实施、补充鉴定、重新鉴定、专家共同鉴定等各个环节上必须符合诉讼法和其他相关法律法规和部门规章的规定。
4、鉴定的步骤、方法应当是经过法律确认的、有效的，鉴定标准要符合国家法定标准或部门(行业)标准。
5、鉴定结果的合法性，主要表现为司法鉴定文书的合法性。鉴定文书必须具备法律规定的文书格式和必备的各项内容，鉴定结论必须符合证据要求和法律规范。
