行政追偿直接侵及被追偿人的合法的财产权，为确保公正，我国《国家赔偿法》有必要进行修改，设定最起码的正当程序。
首先，行政追偿程序的启动。在行政赔偿请求人向行政赔偿义务机关提出行政赔偿请求以后，在可能存在行政追偿的情况下，行政赔偿义务机关应当主动依职权调查行政侵权案件，并且作出是否向公务员追偿的初步决定(根据公务员是否有故意或重大过失而定)。如果赔偿义务机关作出应当追偿的初步决定，则应当通知被追偿人参与行政赔偿程序，从而一并启动行政追偿程序。被追偿人不参加行政赔偿程序者，以后对行政追偿机关的追偿决定丧失异议权;行政赔偿义务机关未通知被追偿人参与行政赔偿程序的，则丧失追偿权，以后不得再追偿。特别应当强调的是被追偿人应当作为独立的一方当事人参与行政赔偿程序。因为他对行政赔偿有着独立于行政赔偿义务机关的自己的利益(行政赔偿数额与被追偿人将承担的费用有着密切的联系)，而这一点却被我国学界忽视;如果行政赔偿义务机关作出不予追偿的行政决定，则直接单独进行行政赔偿程序，以后不得再进行追偿。
其次，行政追偿的协议程序。行政赔偿程序和行政追偿程序一并启动后，行政赔偿请求权人、行政赔偿义务机关和行政追偿的被追偿人三方可以协商解决行政赔偿争议和行政追偿争议。经协商，行政赔偿协议和行政追偿协议均已达成者，按照“先赔偿后追偿”之立法执行协议，即行政赔偿义务机关先行支付行政赔偿费用，在被追偿者自愿的前提下也可以由被追偿者直接向行政赔偿请求权人支付其应承担的全部或部分费用。
再次，行政追偿的决定程序。经协商，没有达成行政赔偿协议的，自不宜达成行政追偿协议。而应当由行政赔偿义务机关一并作出行政赔偿决定和行政追偿决定。因为行政赔偿费用的确定是确定行政追偿数额的依据之一，在没有达成行政赔偿协议确定行政赔偿费用的前提下，行政追偿数额往往无法确定;如果达成行政赔偿协议而达不成行政追偿协议的，行政赔偿按协议执行，行政追偿由行政赔偿义务机关作出决定。
最后，行政追偿的监督程序。设立行政追偿的监督程序主要是为了防止行政追偿机关违法行使追偿权损害被追偿人的合法权益或者不积极行使行政追偿权损害国家利益。因此，行政追偿监督程序的具体设计应从以下几个方面着手：第一，通过行政追偿公开程序监督行政追偿权的行使。即行政主体应当将不予追偿之决定及其理由、追偿决定及其理由、追偿决定的执行结果等对外公开，接受监督。以防止行政追偿之偏私，确保平等原则和公民知情权的实现;第二，确立行政追偿的事后救济程序。即行政赔偿义务机关所作出的行政赔偿决定和行政追偿决定，当事人不服的，均可以申请行政复议或提起行政诉讼。行政赔偿请求权人和行政追偿的被追偿人均不服行政赔偿决定和行政追偿决定而申请行政复议或提起行政诉讼，如果当事人所选择的救济途径冲突的，如，一方申请复议，而另一方提起行政诉讼的，则按照最先提出异议的一方所选择的救济程序进行。由复议机关或人民法院合并审理并作出复议决定或司法判决;第三，确立行政追偿督促程序，促使行政追偿机关积极行使追偿权。即应当建立完善的财政监督机制，通过国家赔偿经费的管理机关监督行政追偿权主体积极行使职权，保障国家利益。
