即使法律、行政法规规定实施行政许可可以收取费用，实施机关也不得自行收取费用，还必须按照法定程序报经有关部门批准，核定收费项目和标准。我国的行政事业性收费项目和标准实行中央和省两级审批。收费项目按隶属关系分别报国务院和省、自治区、直辖市人民政府的财政部门会同计划(物价)部门批准;制定和调整收费标准，也要按隶属关系分别报国务院和省级人民政府计划(物价)部门会同财政部门批准;重要项目及标准分别报国务院和省级人民政府批准。省级人民政府批准的行政事业性收费项目和收费标准报财政部、国家计委备案。省级以下人民政府及其各部门无权审批设立行政事业性收费项目或调整收费标准。面向农民的行政事业性收费，还应当经主管农业的部门审核。中国加入WTO工作组报告书曾经对我国服务市场开放中的行政许可收费提出了明确要求：“行政许可中的有关收费应当与处理行政许可申请所需的行政费用相当，除非该费用是通过拍卖或者招投标等竞争性方式确定的”。这可以理解为确定行政许可收费项目和标准的一项原则。一般来说，行政许可收费应当遵循非盈利和节约的原则，其收费计算标准应以实际劳务和消耗支出为准。实际收费中，一些机关把行政许可收费当作是财政创收的一种手段，收费标准远远高于实际成本，这是应当予以控制的。
二、收费要公开
按国家规定程序批准的行政事业性收费，要公开收费项目、范围、标准，建立健全收费许可证、收费票据和年度审验、票据稽查制度。收费单位必须到计划(物价)部门办理收费许可证，坚持持证收费，接受社会和群众监督;必须使用由省、自治区、直辖市以上财政部门统一制发的收费票据或监制的专用票据。没有收费许可证、没有持证收费、没有使用规定票据的，任何单位或个人都可以拒绝交费。任何组织和个人都有权向财政、计划(物价)部门检举违反国家规定的收费行为。
三、收支两条线
过去，一些地方为了缓解财政经费紧缺的情况，采取了行政机关执行法律、法规，履行法定职责时收取的费用，如许可收费、处罚收入等，可以与财政分成的办法。行政机关收取的费用直接与本机关的行政经费、福利待遇相联系，因而出现“收费越多、经费越多、福利越好”的现象。这种办法产生种种弊端，特别是导致一些行政机关一味地追求收费和处罚，而忽视服务和管理。行政处罚法通过后，对罚没收人实行收支两条线管理，即罚没收入全部上交财政，执法机关所需费用由财政拨款予以保障。这一制度的推行为解决行政机关借处罚牟利的问题发挥了积极的作用。目前，我国现已全面推行“执收”分开的制度，实行“单位开票，银行代收，财政统管”的管理体制，所有行政事业性收费收入都应当及时、足额缴入国库或预算外资金财政专户。行政许可收费，应当贯彻这一原则。所收取的费用应当全部上缴国库，不得截留、挪用、私分或者变相私分。财政部门也不得以任何形式向行政机关返还或者变相返还实施行政许可所收取的费用。
第五十九条行政机关实施行政许可，依照法律、行政法规收取费用的，应当按照公布的法定项目和标准收费;所收取的费用必须全部上缴国库，任何机关或者个人不得以任何形式截留、挪用、私分或者变相私分。财政部门不得以任何形式向行政机关返还或者变相返还实施行政许可所收取的费用。
