(一)不完整性：
虽然有多种鉴定标准，但对涉及刑事、民事和行政诉讼的大量损害致残如伤害致残、产品质量致残、医疗损害致残等案件的伤残评定，国家却没有制订具体的评残标准，致使在鉴定此类案件时不好适用哪种标准，导致大多数案件只好只评定损伤程度，而不给予伤残鉴定，不能有效地保护当事人权益。有时即使评残，也只是参照其它行业标准进行评定，如《工伤标准》和《道路标准》。而对方当事人往往会以不是工伤致残或不是道路交通事故予以抗辩。
(二)不平等性：
目前的伤残鉴定标准，因其制订的目的不同，造成了各种标准带有明显的行业性。适用不同标准进行伤残等级鉴定，有时同一人同一损伤，在适用这一行业标准属残，而适用另一行业标准就不构成残疾，对当事人来说，就难以平等、公平的实现其权利。比如国家标准的《工伤标准》与《道路标准》，两者都将伤残划分为十个等级，但具体的条款却存在许多差异。如对同一人身损害进行伤残鉴定，用《工伤标准》要用比《道路标准》评出的结果高出一个等级，有时甚至高出二、三个等级。如此鉴定标准，就会使同一人身损害因适用鉴定标准不同而得出不同的鉴定结果，有明显的不平等性。另外，《工伤标准》与《道路标准》在对劳动能力丧失程度的划分上也是不一样的。《工伤标准》把劳动能力丧失划分为三个级别，即1至4级为全部丧失劳动能力，5至7级为大部分丧失劳动能力，8至10级为部分丧失劳动能力。《道路标准》把劳动能力丧失划分为4个级别，即1至4级为完全丧失劳动能力，5至6级为大部分丧失劳动能力，7至8级为部分丧失劳动能力，9至10级为小部分丧失劳动能力。还有两种标准在晋级原则上也不相同。《道路标准》中规定“受伤人员符合二处以上伤残等级者，应以伤残程度最高的等级为评定结论，但须写明各处的伤残等级”。即未作晋级规定。而《工伤标准》规定“两项以上相同等级，最多晋升一级”的规定。
(三)伤残鉴定标准多，鉴定人在适用标准时难以选择适用。
鉴定标准不统一，鉴定标准虽规定了各自适用范围，但有些案情不明了的，法医还得去查询，弄清楚伤者属哪一类伤残，请求哪一方面的赔偿，再去查相关鉴定标准，不仅增加了不必要的工作量，而仅有时难以选择适用。如丁某驾驶一重型自卸货车在公路上行驶时，将某公司正在施工中的横跨公路的电话线挂断，致使在电线杆上施工的陈*来摔伤，交通事故责任认定书认定：某公司违反《道路交通管理条例》第六十六条第一款：“任何单位和个人未经公安机关批准，不准占有道路、摆摊设点、堆物作业......”之规定，应负本次事故的主要责任。司机丁某驾车注意安全不够，应负本次事故的次要责任。伤者陈*来对本次事故不负任何责任。某公司、司机丁某在承担部分医疗费用后，便不再支付治疗费用及有关赔偿，陈*来以人身损害赔偿案将某公司及丁某为共同被告诉至法院，并申请伤残鉴定。接受委托后，对陈某伤残鉴定适用何种标准有三种观点：一种是陈某是某公司雇员，且某公司在此事故中负主要责任，应适用《工伤标准》;第二种观点认为，伤者致伤原因为交通事故，司机丁某在事故中存在责任，应适用《道路标准》;第三种观点是应分别适用《工伤标准》、《道路标准》评定伤残，至于审理中适用何种伤残等级，办案人员根据案情予以认定。小编同意第二种观点。
