土地承包经营权应予进行补偿的理论根据：
农村土地承包合同是实质的民事合同
理论界有着关于“农村土地承包经营合同”具有行政合同属性的观点，但笔者坚持认为，“农村土地承包经营合同”应为民事合同范畴，受到《合同法》的调整。
我国虽然存在着土地所有权主体、使用权主体和管理监督主体相混的现状，也就是这些权利大多数集中于政府机构。在农村也是这样，土地使用的发包方和基层土地管理者都属于农村的基层自治组织。但是，农村土地承包的合同订立，由于明确了承包者的不可剥夺的权利，这合同明显是建立在土地所有权人和土地使用权人之间的平等主体之间的民事权利义务关系的协议。对于涉及土地问题的监管责是合同关系之外的单纯行政行为。这里，必须不能在土地承包经营关系中将发包方的各种权能、角色混同。
在1999年的《最高人民法院关于审理农业承包合同纠纷案件若干问题的规定(试行)》中规定了“农业承包合同的当事人因承包合同纠纷向人民法院起诉的，人民法院应当受理。”而且还规定“农业承包合同纠纷，由承包合同履行地或者被告所在地人民法院管辖。”通过这些规定，人民法院在承包合同纠纷的司法裁判中适用的是经济合同审理原则。2003年的《农村土地承包经营法》的实施，更是显示了农村土地承包合同的民事合同属性，其中第13、14、16、17条就明确规定了合同发包方和承包方各自权利义务，并且该法的明显加强承包方权利限制发包方权利的内容，也事实上扯去了立法前农村土地承包经营合同的行政合同色彩。可以讲，“集体经济组织”或是“农村的村委会”已不是土地承包经营合同的管理者，而是作为土地所有者面对土地承包经营者所形成的平等主体间的民事法律关系。“农村土地承包经营”将走出与“简单农地使用”的概念混淆。那么，作为民事合同范畴，面对所经营的土地即将被征占，也就是面对“农村土地承包经营合同”的终止，“土地承包经营权”的补偿依据何在?
国家为公益事业征占土地是具有强制性的，征地的行政行为将导致“农村土地承包合同”的终止。《土地管理法》第47条规定“征用土地的按照被征用土地的原有用途给予补偿”，也就是说，征地补偿是法律确定的原则。“农村土地承包经营合同的终止”对于发包方来说丧失的是土地所有权和因土地发包而得的收益，对于承包经营方丧失的就是“土地的使用权和土地经营权”，上述的内容均属应与补偿的范畴。
另外，征地行为是带有行政行为性质的国家强制行为，但是，土地补偿费显然具有民事属性，土地补偿请求权也同样属于民事权利的特征。因此，基于带有民事性质的补偿，补偿单位与补偿收益方应该也是平等法律关系，在法律的补偿规范中，农村土地承包经营合同的双方主体具有平等的获得补偿的权利现实中，忽略或是虚拟“土地承包经营权”的被补偿客体地位是违背民事法律中“公平原则”的，“农村土地承包经营合同”中的承包方享有的“土地的承包经营”和“收益权”，以及“土地承包的投入损失”是不应因土地的征用而被剥夺的二、农村土地承包经营权属于物权目前，我国的《物权法》正在起草和征询意见的过程中，农村土地承包经营权属于物权一种的观点被许多人支持，“农村土地承包经营权”具备物权的特征，在征地补偿工作的立法和政策制定上应作为物权加以保护。
