在商业秘密侵权案件中，在权利人充分证明其商业秘密权、被控侵权人使用的信息与权利人的商业秘密相似或者高度相似、且被控侵权人有获取商业秘密的机会，法官能够对侵权行为进行初步认定的基础上，举证责任转由被控侵权人承担，被控侵权人应当对其使用的商业秘密有其他正当渠道提供相关证据，否则将被认定为侵权。
根据商业秘密中举证责任倒置的原则，应当由被告证明其获取商业秘密信息合法来源，否则即为侵权。听上去似乎合情合理。但显然原告对民事诉讼法中的“谁主张谁举证”的证据原则没有一个正确的理解，也曲解了商业秘密中的“举证倒置”责任原则。
在司法实践中，商业秘密侵权案件适用的是“谁主张、谁举证”的举证责任原则。权利人主张侵权责任的，须从以下四个方面证明其主张：
(1)主张的商业秘密确实存在;(2)被控侵权人实施了侵权行为;(3)被告主观上具有故意或过失;(4)权利人因为被告的侵权行为遭受了一定的损害后果。但在商业秘密侵权案件中，针对“取得”“披露”“使用”三种侵权方式，其中，仅披露行为具有一定的公开性，权利人可能取得相关披露证据;但对于“取得”和“使用”行为，由于行为本身往往具有较强的秘密性，权利人取得证据比较困难。因此，对于行为人的侵犯商业秘密的行为以及其主观状态，权利人通常很难获取相关证据。
因此，早在1998年《关于全国部分法院知识产权审判工作座谈会纪要》中，就明确指出，“在举证过程中，人民法院应当注意举证责任的转移问题，即在当事人一方举证证明自己的主张时，对方对该项主张进行反驳的，应当提出充分的反证，这时，举证责任就转移到由对方承担。此外，人民法院对于当事人的某些主张，应当根据法律并从实际情况出发，实行“举证责任倒置”的原则，即一方对于自己的主张，由于证据被对方掌握而无法以合法手段收集证据时，人民法院应当要求对方当事人举证。”由此即确立了在商业秘密案件审理过程中的举证责任倒置原则”。
在《关于禁止侵犯商业秘密行为的若干规定》中，则进一步对举证责任的具体适用做出了更加详细的规定。根据该法第五条的规定，“权利人能证明被申请人所使用的信息与自己的商业秘密具有一致性或者相同性，同时能证明被申请人有获取其商业秘密的条件，而被申请人不能提供或者拒不提供其所使用的信息是合法获得或者使用的证据的，工商行政管理机关可以根据有关证据，认定被申请人有侵权行为”。
可见，商业秘密诉讼中，举证责任倒置原则的适用有一定的条件。是否重新确定证明标准，将由法官根据个案的具体情况来决定。一般情况下，在实际审判过程中，法院会根据案件的有关情况，如双方竞争情况、商业秘密的保密程度和复杂程度、被控侵权人是否诚实信用等情况，在权利人已经完成了证明责任(即充分证明其商业秘密权、被控侵权人使用的信息与权利人的商业秘密相似或者高度相似且被控侵权人有获取商业秘密的机会)，并且初步认定侵权行为成立的基础上，综合考虑被控侵权人获取商业秘密的愿望和可能性。如果能够确信被控侵权人从事了侵犯商业秘密的可能，此时举证的责任则转由被控侵权人承担，即被控侵权人应当对其使用的商业秘密有其他正当渠道提供相关证明，否则将可能被认定为侵权。
