被合并企业及其股东按清算进行所得税处理，一般会产生所得税纳税义务，增加公司合并的税收成本。比如：甲公司与其他公司合并，合并基准日甲公司资产总额1000万元，负债总额500万元，所有者权益500万元。经过评估和协商各方同意甲公司进入合并的所有者权益为1000万元(资产溢价500万元)，同时根据各方协商一致合并后公司的股权比例，甲公司需要投入合并后的公司权益为500万元。在此合并中，合并后的公司需要支付给甲公司500万元合并资产溢价款，致使股权支付比例不足85%。
在上例中，被合并企业就不能适用特殊性税务处理，而只能适用一般性税务处理，对被合并企业及其股东按清算进行所得税处理。甲公司因合并(清算)发生资产处理收益500万元，需要缴纳企业所得税125万元(500×25%)，获得税后利润375万元，分配给股东后股东需要缴纳个人所得税75万元(375×20%)，累计发生税收成本200万元，股东实得300万元。
同是在上例中，如果甲公司将1000万元的股东权益全部投入到合并后的公司中，进行100%的股权支付，或者进行85%以上的股权支付，使合并后的公司支付给甲公司的合并资产溢价不超过15%，甲公司就可以适用特殊性税务处理，就不需要按照清算对公司和股东进行所得税处理，就可以节约税收200万元(并不影响甲公司资产的溢价)。当然，如果存续公司的股东以500万元的价格将甲公司的股权先购入50%，然后再进行合并也会使合并免受一般性所得税处理的规定。
从企业合并的实务看，是否需要股权以外的支付以及股权以外的支付是多还是少，主要取决于以下因素：
1.参加合并的公司小股东的多和少，一般来说小股东多的，发生非股权支付的数额可能就大，反之就少;2.不同意加入合并的股东多和少，如果有股东不同意加入合并后的公司，根据公司法的规定，公司就需要收购该股东的股权，非股权支付的比例就会大，反之就会小;3.参加合并的公司资产评估的价值额与需公司股东投入合并后公司中资产价值额之间的对比关系，如果两者相等，可能就不会有非股权支付，如果参加合并公司的资产的评估价值额大于需要其投入的资产价值额，可能就会发生非股权支付，大于的越多，非股权支付的比例就越大。
基于上述分析，参加合并的公司可以采取如下方法争取适用特殊性税务处理，从而节约合并税收成本：
1.在合并之前，主张合并的大股东收购本公司小股东的股权，从而消除因合并要求退股的问题;2.由参加合并的股东与要求非股权支付的股东签订附期限生效的股权转让协议(期限为合并后一年以上)，并由参加合并的股东以订金的方式将非股权支付额支付给享受非股权支付的股东;3.根据参加合并的各公司资产的评估额确定各公司股东在合并后的公司中的股份比例，消除或者控制非股权支付比例;4.对公司资产盘子过大，而合并资产受限的公司合并，也可以考虑对公司进行先分立，后合并的方法解决非股权支付问题。
总之，无论是采取合并并购，还是为重组进行合并，策划者和操作者都要在法律允许的范围内努力争取适用公司合并的特殊性税务处理，控制合并税收成本。
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