一、 施工合同补充协议备案怎么办理?
施工合同补充协议备案也是要在签订后的7日内到政府有有关建设主管部门来办理备案处理，根据《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第四十七条规定：订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。施工合同备案方法包括：承包人登陆政府门户网站，在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，在对应的合同备案表中填写信息打印;办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。
二、《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》对于施工合同的规定
第十一条 招标人自行办理施工招标事宜的，应当在发布招标公告或者发出投标邀请书的5日前，向工程所在地县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案，并报送下列材料：
(一)按照国家有关规定办理审批手续的各项批准文件;
(二)本办法第十一条所列条件的证明材料，包括专业技术人员的名单、职称证书或者执业资格证书及其工作经历的证明材料;
(三)法律、法规、规章规定的其他材料。
招标人不具备自行办理施工招标事宜条件的，建设行政主管部门应当自收到备案材料之日起5日内责令招标人停止自行办理施工招标事宜。
第十二条 全部使用国有资金投资或者国有资金投资占控股或者主导地位，依法必须进行施工招标的工程项目，应当进入有形建筑市场进行招标投标活动。
政府有关管理机关可以在有形建筑市场集中办理有关手续，并依法实施监督。
第十三条 依法必须进行施工公开招标的工程项目，应当在国家或者地方指定的报刊、信息网络或者其他媒介上发布招标公告，并同时在中国工程建设和建筑业信息网上发布招标公告。
招标公告应当载明招标人的名称和地址，招标工程的性质、规模、地点以及获取招标文件的办法等事项。
第十四条 招标人采用邀请招标方式的，应当向3个以上符合资质条件的施工企业发出投标邀请书。
投标邀请书应当载明本办法第十三条第二款规定的事项。
第十五条 招标人可以根据招标工程的需要，对投标申请人进行资格预审，也可以委托工程招标代理机构对投标申请人进行资格预审。实行资格预审的招标工程，招标人应当在招标公告或者投标邀请书中载明资格预审的条件和获取资格预审文件的办法。
资格预审文件一般应当包括资格预审申请书格式、申请人须知，以及需要投标申请人提供的企业资质、业绩、技术装备、财务状况和拟派出的项目经理与主要技术人员的简历、业绩等证明材料。
法律上明确规定了施工合同的备案事项，但如果后期在施工合同的履行过程中，需要变更或者更改的，是可以签订补充协议的，这处情况下也是需要重新进行备案处理的，具体情况可以提交有关材料到建设主管部门来办理。
