施工合同和备案合同有区别不一致时，按照备案合同为准来进行结算。依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》(以下简称“解释”)第21条的规定，“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据”。这是“黑白合同”应当以白合同进行结算的基本原则。
1、必须招投标的工程项目，招投人没有按照法定招投标的程序进行招投标，而是自行招标或者是议标的，视为没有办理招投标手续，所签订的建设工程施工合同无效。建设工程纠纷按照无效合同处理。
理由：
《招投标法》第五条“招标投标活动应当遵循公开、公平、公正和诚实信用的原则”。自行招标或者议标，无法保证公开、公平、公证。
2、必须招投标的工程项目，因串标、围标等原因导致中标无效的，所签订的施工合同也无效。建设工程施工合同发生纠纷，按照无效合同处理。
上述合同备案后，双方又签订了与备案合同实质性内容不同的施工合同或者补充协议的，前后两份合同均无效，应当按照实际履行的合同进行结算。
理由：因为中标无效，前合同无效。因为工程项目为必须招投标的项目，后合同没有招投标也无效。
3、必须招投标的工程项目，没有经过招投标就签订了施工合同，有的承包人已经进场施工，因无法办理施工许可证和开工证，又补办了招投标手续，仍然以前一个合同的承包人中标，签订了施工合同，进行备案的，前、后两份合同均无效。应当按照实际履行的前合同进行结算。
理由：前合同因没有办理招投标无效，但是，前合同是当事人真实的意思表示，是实际履行的合同。后合同因招标人与投标人串标中标无效，导致备案合同无效。并且，后合同仅仅是为了通过备案，不是真实的意思表示，也不是为了实际履行。
4、建设工程施工项目不是必须进行招投标的项目，招标人按《招投标法》规定的程序进行了招投标，又出现中标无效情形的，签订的合同即使进行了备案，也因违反《招投标法》的强制规定而导致合同无效，建设工程纠纷应当按照无效合同进行处理。
承发包双方在上述备案合同之外又签定与备案合同不一致的合同或补充协议的，该合同或补充协议是双方真实意思表示，应为有效合同，双方应以后合同或补充协议作为结算工程价款的依据。
5、不是必须进行招投标的工程项目，双方没有进行招投标程序，不适用“司法解释”第21条的规定。承发包双方先后签订了两份以上的施工合同，后合同视为对前合同的变更，内容不一致的，应当以后合同为准结算工程款。
6、招标人和投标人依法进行了招投标，在中标后双方未签订书面合同，应以招投标文件作为结算工程价款的依据
建筑施工合同在施工前期都是需要备案的，如果发包方就同一建设工程，订立的施工合同，与当时备案的合同内容不一致，应当以备案的合同作为结算工程价款的根据。可以说备案合同也是具有法律效力的。
