(一)申报阶段
排污者必须在每年1月15日前向环境监察机构申报正常作业条件下的排污情况，按要求填报《排污申报登记表》，并提供必要的资料。
新建、扩建、改建项目，应当在项目试生产前3个月内办理排污申报手续。在城市市区范围内，建筑施工过程中使用机械设备，可能产生环境噪声污染的，施工单位必须在工程开工15日前办理排污申报手续。
排污者申报、登记后，当排污者排放污染物需作改变或者发生污染事故等造成污染物排放经济变化的，必须分别在改变3日前或变化后3日内填报《排污申报变更登记表》，说明变更原因，履行变更申报手续。
(二)审核阶段
环境监察机构应当按照国家规定强制检定的污染物排放自动监控仪器数据、监督性监测数据或物料衡算数据对排污者填报的《排污申报登记表》进行审核。经审核，符合规定要求的，环境监察机构向排污者发放经审核同意的《排污申报登记表》;不符合规定要求的，责令排污者限期补报;逾期未报的，视为拒报。
(三)排污量的核定
环境监察机构应在每月或每季度终了后10日内，依据《排污申报登记表》，结合当月或当季的实际排污情况，核定排污者排放污染物的种类、数量，并向排污者送达《排污核定通知书》。
排污者对核定结果有异议的，自接到《排污核定通知书》之日起7日内，向发出通知的环境监察机构申请复核;环境监察机构应当自接到复核申请之日起10日内作出复核决定，并将《排污量申报登记复核通知书》送达排污者。
(四)征收排污费
1、排污费按月或按季度征收。
2、环境监察机构根据排污量申报登记核定结果和排污费征收标准计算确定排污费，并将排污者的名称、收费时段和收费数额予以公告。
3、排污费数额经环境监察机构确定、复核后，由环境监察机构向排污者送达《排污费缴纳通知单》。
4、排污者应当自接到《排污费缴纳通知单》之日起7日内，到指定的商业银行填写“一般缴款书”缴纳排污费。排污者在规定的期限内未足额缴纳排污费的，由收缴部门责令其限期缴纳，并从滞纳之日起加收2‰的滞纳金;逾期拒不缴纳的，处应缴纳排污费数额1倍以上3倍以下的罚款，并报经有批准权的人民政府批准，责令停产停业整顿。
(五)排污费减缴、免缴、缓缴。
排污者因不可抗力遭受重大经济损失的，可以向有审批权限的上级环保部门申请减半缴纳排污费或者免缴排污费;排污者因未及时采取有效措施，造成环境污染的，不得申请减半缴纳排污费或者免缴排污费。排污者因有特殊困难不能按期缴纳排污费的，自接到排污费缴纳通知单之日起7日内，可以向发出缴费通知单的环境保护行政主管部门申请缓缴排污费;环境保护行政主管部门应当自接到申请之日起7日内，作出书面决定;期满未作出决定的，视为同意;排污费的缓缴期限最长不超过3个月。批准减缴、免缴、缓缴排污费的排污者名单由受理申请的环境保护行政主管部门会同同级财政部门、价格主管部门予以公告，公告应当注明批准减缴、免缴、缓缴排污费的主要理由。
