国际商事仲裁程序开始后，无论是申请人还是被申请人，如果对仲裁机构或仲裁庭的全部或部分管辖权有异议，应及时提出，这是大多数国家仲裁法和仲裁机构的仲裁规则所要求的。毫无疑问，当事人及时抗辩管辖权的权利，有助于保证仲裁程序在尊重当事人意愿及法律规定的基础上进行，也有助于仲裁庭及时确定自己的管辖权，以免无谓地浪费当事人的时间、精力和金钱。概括来说，当事人提出管辖权抗辩的时限主要有以下几种情况：
1、第一次实体答辩之前，瑞士《关于国际私法的联邦法》第186条规定，对仲裁庭管辖权的任何异议必须在任何实体答辩前提出。
2、第一次开庭之前，中国《仲裁法》第20条规定，当事人对仲裁协议的效力有异议的，应当在仲裁庭首次开庭前提出。如前所述，管辖权问题不仅仅局限于仲裁协议的效力，这一规定缺乏完整性。CIETAC2000年《仲裁规则》有所改进，其第6条规定，当事人对仲裁协议及/或仲裁案件管辖权提出抗辩，应当在仲裁庭首次开庭前提出。
3、分别异议类型规定不同的时限。以《示范法》为典型，其第16条规定，有关仲裁庭无管辖权的抗辩不得在提出答辩书后提出，但有关仲裁庭超越管辖权的抗辩，应在仲裁过程中知悉出现越权的事情后立即提出。
4、不规定提出管辖权异议的时限，如国际商会仲裁院1998年仲裁规则中就没有规定当事人对仲裁协议的存在、效力或范围提出异议的时限。
试观中国仲裁法的规定，“对仲裁协议的异议，应当在仲裁庭首次开庭前提出。”对不开庭的案件怎么办?仲裁法第39条后半段规定，“当事人协议不开庭的，仲裁庭可以根据仲裁申请书、答辩书以及其他材料做出裁决”。对这种不开庭而书面审理的案件，当事人提出管辖权异议的时间问题就不能适用仲裁法第20条来解决了。
对这一问题，CIETAC2000年仲裁规则的解决办法是，要求当事人在第一次提出实体答辩前提出管辖权异议。这里就有一个问题，如果当事人(被申请人)不提交书面答辩，甚至也不提交任何书面意见的，它是否有权在仲裁程序尚未结束之前任何一个时间点提出管辖权异议呢?已有的明文规定似乎不能阻止他这么做。
笔者认为，关于管辖权的问题只宜一次性解决，不应因为当事人的要求或仲裁员或仲裁机构的原因而得到重新考虑，更不应变更过去的决定。司法程序中，有很多关于程序问题的决定是不允许上诉的，因为有的程序决定是针对程序步骤的时限的，一旦做出，必须立即生效，不可能延后生效，因为时间本身是永不停息前进的，而且允许上诉会使程序的总时间不可避免的延长，而且可能造成程序的混乱。仲裁程序和司法程序作为两种解决纠纷的方式来说，无论选择哪一种，其实体裁判不应该不同，当事人的实体权力不会受到影响。所以，即使少数管辖权决定是值得怀疑的，也不会对当事人的实体权利造成任何损害。相反，如果允许当事人可以不停地找出新理由对管辖权决定提出挑战，要求反复作决定，其后果只能是程序权力被滥用，正常程序被延误，当事人遭受额外经济和时间方面的损失，不合理地增加解决争议的成本。
