司法实践中，股权转让协议被判撤销或无效的，往往要求公司请办理相关的工商登记，而非登记机关可以直接予以撤销原变更登记;股权转让协议被判撤销或无效的，公司应当申请办理变更登记而非申请撤销变更登记。
如此前未发生股权交付(变动)的法律效力或者虽然发生股权交付(变动)的法律效力但公司未向股东出具出资证明书也没有备置股东名册且公司章程中股东名称及股东出资比例记载事项亦未发生变更的，则不需要办理新的股权变动手续，股权转让合同被确认无效时转让方即为公司股东，享有股东的权利.
如果股权转让合同无效前已经发生股权交付(变动)的法律效力且已办理相关记载事项变更的，股权转让合同被确认无效后公司应依据股权转让合同解除的法律文件直接办理注销受让方股东的出资证明书，向转让方股东签发新的出资证明书、变更股东名册、章程等，如不及时办理变更或者拒绝办理的，公司董事会或者执行董事应该对转让方由此产生的损失承担责任。
但是目前的司法实践中，股权转让协议被判撤销或无效的，往往要求公司请办理相关的工商登记，而非登记机关可以直接予以撤销原变更登记;股权转让协议被判撤销或无效的，公司应当申请办理变更登记而非申请撤销变更登记。笔者最近阅读最高人民法院执行局张元法官的《执行程序中行政部门协助变更股权的路径分析》，其明确指出“对于《行政许可法》第十二条第五项的适用，应当仅仅限缩在公司设立以及相应的注销，而不能扩大到公司设立后的股权变更。
综上，人民法院生效裁判文书或者协助执行通知书即是工商部门作出股权变更登记的依据，人民法院要求协助执行，工商部门应当迳行变更，不能以需要实体审查为由拒绝或推延。““
人民法院要求协助变更股权，工商部门无需要求公司提交书面申请材料，而应当按照《民事诉讼法》第二百五十一条的规定迳行进行股权变更登记。”
“人民法院在诉讼程序中作出特殊有限责任公司股权转让、股权确认等以股权为诉讼争议标的的判决之前，应当发函征询行政部门意见，由行政部门按照投资者资格和产业政策要求进行审查并作出批准文件。”希望上述观点可以得到有效的贯彻执行，使得当事人利益得到维护，也使得律师工作得到有效支持。
其实无论是对于合同来说还是对于协议来说，都是双方当事人是多方当事人的合意的结果，此时我们需要注意的是，在遇到股权转让的时候一定要注意遵循法定的原则。
