建设工程的发包人为了融通资金，常常将尚未建造或正在建造的建筑物抵押给银行，以获取银行贷款，这就是在建工程抵押。工程款的优先受偿优先与抵押贷款所发生的抵押权，正是这一新的法律制度对银行资金运作产生的最大的冲击，一旦发包人不能及时还贷，银行主张实现抵押权时，发包人同时还拖欠承包人的建设工程款，这时银行的抵押权与建设工程款优先受偿权并存，发生冲突。
首先，在建工程抵押权和建设工程款优先受偿权的客体是同一客体。前文已经述及，在建工程抵押权是房地产开发企业为获得银行的贷款以正在建设的工程及所附着的土地使用权为担保物，银行所享有的一种权利，该权利的标的物是正在建设的工程项目。建设工程款优先受偿权的客体也是该工程，在发包人到期不能偿还承包人的工程款时，承包人可以通过协商，向法院申请拍卖该工程等形式获得工程款。其次，在建工程抵押权与建设工程款优先受偿权保护的主体不同，这就导致了主体利益的冲突。在建工程抵押权保护的主体是贷款人的利益，是贷款人的经营权;建设工程款优先受偿权保护的主体是承包人及其工人的生存权。在同一标的物上存在着经营权和生存权两种不同性质的权利，而这两种权利在在建工程抵押和建设工程款优先受偿之间又不能共生，这就产生了经营权和生存权的冲突。
再次，两种权利行使的时间上的不一致性。在建工程抵押权作为一般的抵押权，当债务人不按合同的约定履行义务时，债权人就可以行使该权利，在行使的时间要求上，没有过多的限制，只要债务人不履行义务，债权人就可以随时将该在建工程通过折价、拍卖等方式变价。承包人主张优先权的时间必须满足以下条件：一是发包人未按约定支付价款;二是承包人催告发包人在合理期限内支付价款;三是发包人逾期未支付价款。发包人不支付价款的，承包人不能立即将该工程折价、拍卖，而是应当催告发包人在合理的期限内支付价款。如果逾期不支付才能将该工程折价、拍卖。如果在建工程抵押权人在债务人不履行义务时就行使了抵押权，将在建工程处分了，那么承包人的建设工程款优先受偿权就有可能因权利所指向的标的消灭而无法行使。
由于工程价款优先受偿权制度的建立和正式实施，使银行的在建工程抵押权就位列次席，只有当债务人优先清偿承包人的工程价款后，才能优先于一般债权等到清偿，这就给抵押权人特别是银行带来巨大的风险，这也是人民法院需要平衡银行和承包人之间的利益冲突的一个困境。
