《医疗事故处理条例》是国务院制定的行政法规，但是《医疗事故处理条例》并不能当然成为审理医疗赔偿纠纷的法律依据。根据立法法第八条第七项和第九条规定:“民事基本制度只能制定法律;本法第八条规定的事项尚未制定法律的，全国人民代表大会及其常务委员会有权作出决定，授权国务院可以根据实际需要，对其中的部分事项先制定行政法规……”由于医疗损害民事赔偿制度属于民事基本制度，所以只能由法律才能对医疗损害民事赔偿制度作出规定，而行政法规无权制定医疗损害民事赔偿制度，《医疗事故处理条例》将医疗损害赔偿纳入行政管理范围，超越了行政权范围;《医疗事故处理条例》对医疗事故赔偿范围和赔偿标准的规定，只有在得到了人大的特别授权或者在法律作出明确规定(如规定“行政法规对医疗事故赔偿作出规定的，适用行政法规”)的情况下，才能成为法院审理医疗损害赔偿案件的依据。但现行《医疗事故处理条例》显然不具备上述条件，不能成为审理医疗损害赔偿案件的依据。
实际上，《医疗事故处理条例》中医疗行政机关保护自身利益的痕迹非常明显，体现在:医疗事故等级标准过高，医疗事故赔偿标准过低，非医疗事故造成的损害不予赔偿等。《医疗事故处理条例》的实施使得处于弱势的患者无法完善地保护自身利益，为此最高人民法院于2003年下发了《关于参照医疗事故处理条例审理医疗纠纷民事案件的通知》(以下简称《通知》)，规定医疗事故引起的医疗赔偿纠纷，参照《医疗事故处理条例》有关规定办理;医疗事故以外原因引起的其他医疗赔偿纠纷，适用《民法通则》的规定。然而，由于司法解释无权纠正行政法规中存在的缺陷，使得《医疗事故处理条例》中的不合理之处仅得到了部分否定。依照《通知》规定，构成医疗事故的适用《医疗事故处理条例》，结果是损害严重的赔偿金额低;不构成医疗事故的适用《民法通则》，结果是损害较轻的赔偿金额反而更高。所以，实践中为更好保护处于弱势群体的患者利益，对构成医疗事故的损害赔偿标准出现了既适用《医疗事故处理条例》又不得不突破《医疗事故处理条例》的尴尬与无奈。如《北京市高级人民法院关于审理医疗损害赔偿纠纷案件若干问题的意见(试行)》第二十一条规定:“确定医疗事故损害赔偿标准，应当参照《医疗事故处理条例》第四十九条至第五十二条规定;如参照《医疗事故处理条例》处理将使患者所受损失无法得到基本补偿的，可以适用《民法通则》及相关司法解释的规定适当提高赔偿数额。”
