上述几种方法，都有其可取之处，但也存在不足。将出资额和公司净资产额作为股权转让价格简单明了，便于计算和操作;审计、评估方法通过对公司会计账目、资产的清理核查，较能体现公司的资产状况;拍卖、变卖的方法引入了市场机制，在一定程度上能体现股权的市场价值。但是，公司的生产经营活动受经营者的决策及市场因素的影响较大，公司的资产状况处于一种动态变化之中，股东的出资与股权的实际价值往往存在较大差异，如对股东的股权未经作价以原出资额直接转让，这无疑混淆了股权与出资的概念;公司净资产额虽然反映了公司一定的财务状况，但由于其不体现公司资金的流转等公司运作的重要指数，也不能反映公司经营的实际情况;审计、评估能反映公司财产状况，也能对公司运作的大部分情况进行估算，却不能体现公司的不良资产率、公司发展前景等对股权价值有重要影响的因素;拍卖、变卖一般时间较紧，转让方和受让方常无法进行更多直接沟通。如不能很好理解和运用这几种方法，将造成股权的滥用，侵犯股东和公司的合法权益。
基于单一的确定股权转让价格的方法都有缺陷，因而在实践中应注意：
一、采用综合评估确定股权转让的基准价格
实践中股东自愿转让股权是股权转让的最为普遍的形式，法院运用国家强制力强制股东转让股权是股权转让中的一种特殊形式，两者在股权转让前先确定基准价格上是相一致的。转让双方首先应对公司的资产、负债情况进行评估，确定转让基准价格，在此基础上协商确定转让价格。法院在强制股东转让股权时，应通过审计、评估确定转让的基准价格。股权转让基准价格即股权转让参考价格，可以是公司的净资产额。在采用了前述的一种或几种甚至其他更多的计算方法后，有的当事人还会结合公司不良资产率、国家产业政策等因素确定转让价格，这样得出的转让价格比较接近股权的实际价值。
二、引入市场机制转让股权
转让基准价格确定后，根据意思自治原则，对转让双方经协商确定的转让价格，只要未损害国家和第三人的合法权益，是受法律保护的。在股权的转让中，还可以通过拍卖、变卖的方式转让股权，拍卖、变卖价格就是转让价格。拍卖和变卖引入了市场竞争机制，相对其他四种方法，更能体现股权的市场价格，是一种比较科学的方法。在股权的强制转让中，应参考股权转让基准价格确定拍卖的保留底价，通过公开拍卖的方式转让股权。
