在大多数的情况下，母、子关系是已知的，要求鉴定假设父和孩子是否亲生关系。此时首先从母、子基因型的对比中，可以确定孩子基因中可能来自父亲的基因(生父基因，OG)。 然后观察假设父亲的基因型，如果不具有生父基因，则可排除假设父与孩子的亲生关系。若假设父也具有生父基因，结果就不能排除假设父的亲生关系。
亲子鉴定的样本及采集方法
(1)血痕：如果您在医院采集样本进行;DNA亲子鉴定，可以将医护人员采集的EDTA抗凝血倒在事先准备好的医用无菌纱布上，自然阴干，制成干血痕;如果您自己在家采集血痕样本，你需要在药店购买医用纱布和酒精，准备纸质信封和纸笔，酒精消毒采血部位后用针刺破指尖或耳垂，依次挤五滴黄豆粒大小血滴，散开滴在医用纱布上(要浸透3层)，自然阴干后将纱布分别装入不同的信封中并在信封上分别标明各自的身份(如：父、母、子等字样)再寄给亲子鉴定机构。
(2)棉签采集口腔脱离细胞：准备消毒的医用棉签(用只有一头有棉的棉签)，提取前，先用清水漱口，然后一手持棉签，伸进口腔，在口腔内侧(腮帮子)上反复擦拭二十五下，取出棉签，阴干;以同样的方法采集第二根棉签，每个人至少要提取四根棉签;将不同的样本装入不同的纸信封中并在信封上标记清楚身份(如：父、母、子等字样)再寄给亲子鉴定机构。
(3)毛发：用手抓住距离毛发根部4cm左右的地方，用力拔下至少5根头发(毛发末端可看到清晰的毛囊，即毛发根部白色物质);拔下的毛发最好在室温条件下干燥几分钟再用A4纸包裹后装入袋内，因为刚采下的毛发粘性较大，如立即包裹则毛囊可能粘在纸壁上，影响DNA的提取;将不同的样本装入不同的纸信封中并在信封上标记清楚身份(如：父、母、子等字样)再寄给亲子鉴定机构。
注意事项：为了保证检测结果和质量，请勿邮寄脱落下来的毛发，或者拔下来的放置很久的毛发，否则DNA亲子鉴定将受影响;不要触及毛发的毛囊部位，就是您看到的黑色头发根部的白色物质;同时10岁以上的孩子才可以采集毛发样本。
根据DNA亲子鉴定原理可以准确地鉴定亲子关系，是目前最准确的亲子鉴定方法。如果小孩的遗传位点和被测试男子的位点(至少1个)不一致，那么该男子便100%被排除血缘关系之外，即他绝对不可能是孩子的生物学父亲。如果孩子与其父母亲的位点都吻合，我们就能得出亲权关系大于99.99%的可能性，即证明他们之间的血缘亲子关系。
