在股东代表诉讼的具体实践中，还存在一些具体问题需要进一步统一。
(一)股东代表诉讼的管辖法院确定应由哪一个法院对股东代表诉讼案件享有管辖权，是我国建立股东代表诉讼制度的一个重要问题。我国《民事诉讼法》没有对股东代表诉讼的管辖法院作出明确的规定。我们认为，在股东代表诉讼中，诉讼目的实质上是为了维护公司的利益，股东提起诉讼只是以自己的名义，为维护公司整体利益为直接目的，而以维护股东自身利益为间接目的，只是在公司怠于主张权利或者拒绝主张权利时，股东才提起代表诉讼。所以，在公司董事、监事、经理、控股股东或者实际控制公司的股东以及其他商事主体对公司负有违约之债或者侵权之债时，作为债权人的公司向责任人主张权利时，应当向哪个法院提起诉讼，则股东代表诉讼中的原告股东也就应当向该法院提起诉讼。
具体而言，我国《民事诉讼法》规定的级别管辖、地域管辖原则、移送管辖和指定管辖原则对于股东代表诉讼案件的管辖确定同样适用。这样既可以保持股东代表诉讼制度与我国整个民事诉讼法律体系之间的协调，也可以充分体现股东代表诉讼为了维护公司利益的精神。
(二)股东代表诉讼案件的调解民事诉讼中的调解是私法自治原则在诉讼活动中的具体体现，调解书对当事人双方具有终局约束力，以调解形式结案，符合司法效率原则，因此我国《民事诉讼法》鼓励民事诉讼双方当事人以调解形式结案。
股东提起代表诉讼时，作为原告股东理应有权与被告达成调解协议，但是倘若毫无限制地允许原告与被告以私下和解方式了结代表诉讼，即已导致代表诉讼制度的滥用，最终损害公司利益。所以，为了避免原告股东与被告在调解过程中恶意串通，损害公司利益，有必要加强法院对和解协议的司法审查，凡未经法院批准的和解协议不产生对原告股东所在公司的拘束力，日后公司仍然可依代表诉讼中的同一事实与理由向法院提起直接诉讼，公司其他股东也可以向法院提起股东代表诉讼。
此外，原告股东与被告的和解协议要对原告股东所在公司产生拘束力，《公司法》还应规定法院将和解协议草案的主要条款通知公司其他股东。其他股东有权对提交法院审查批准的和解协议草案出庭提出异议。
